Thanks Prof. David.<br><br>I&#39;ve done all that now, but at the moment I&#39;m locked getting lots of the &quot;lovelly&quot; error:<br><br>Warning: 1-4 interaction between 7 and 16 at distance 4.302 which is larger than the 1-4 table size 
1.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>step 0Segmentation fault<br><br>I&#39;ve visually checked the .gro file, and the atoms mentioned are not from start at such crazy distances. I&#39;ve included extra exclusions between the virtual sites and the atoms that are at &quot;one&quot; and &quot;two&quot; &quot;bonds&quot; away.
<br><br>Does it means I should include also the 1-4 in the exclusions or pair sections? Sorry, never dealt with dummy sites before this. I thought using a pre-equilibrated box with a different model would at least avoid explosion problems, so or I missing something, of this assumption was completelly wrong.
<br><br>Thanks a lot in advance,<br><br>Sincerally yours<br><br>Jones<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/11/07, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Jones de Andrade wrote:<br>&gt; Hi all.<br>&gt;<br>&gt; Well, I&#39;m having a bit of trouble here because the work has decided to
<br>&gt; go in the direction of something I&#39;ve never used before with gromacs:<br>&gt; dummy atoms (or now &quot;virtual sites&quot;).<br><br>I assume this is not for a protein, in which case pdb2gmx does it for you.<br>
&gt;<br>&gt; I&#39;ve got at least three questions in order to use them:<br>&gt;<br>&gt; 1 - does the virtual sites need to be included in the .gro files in<br>&gt; order to make a simulation run?<br>&gt;<br>Yes.<br><br>&gt; 2 - do I need to include them in the &quot;exclusion list&quot;?
<br>It depends, but usually yes.<br><br>&gt;<br>&gt; 3 - do I need to include them in the &quot;atoms&quot; section?<br>Yes.<br><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Thanks a lot in advance for any help anyone can provide in these<br>
&gt; subjects. ;)<br>Check the mannual too. Chapter 5. An dtopologies for TIP4P, TIP5P etc.<br><br><br>&gt;<br>&gt; Sincerally yours,<br>&gt;<br>&gt; Jones<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>