<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV></DIV>
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<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: OZGE ENGIN &lt;OZENGIN@KU.EDU.TR&gt;<BR>To: leafyoung@yahoo.com; gmx-users@gromacs.org<BR>Cc: gmx-users@gromacs.org<BR>Sent: Sunday, October 14, 2007 8:33:28 PM<BR>Subject: Re: Re: [gmx-users] the comm_mode<BR><BR>
<DIV>Hi Yang,<BR><BR>I am performing a simulation of a peptide in vacuum, and in the mailing archieve, I read that using of linear option of comm_mode in the vacuum simulations.&nbsp;&nbsp;<BR></DIV>
<DIV>Is it due to the relatively rapid convergence of molecules in the vacuum environment?<BR></DIV>
<DIV>&gt;&gt; It is not because of this reason, it is due to PBC. Simulation in vacuum is usually done without PBC, Rotation&nbsp;is recommended.</DIV>
<DIV>&gt;&gt; COM velocity removal's effect is&nbsp;directly visible, so if "Linear" works for you, you may use it.</DIV>
<DIV><BR>Thanks in advance <BR><BR>Ozge<BR><BR>-----Original Message-----<BR>From: Yang Ye &lt;leafyoung@yahoo.com&gt;<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Date: Sun, 14 Oct 2007 03:42:12 -0700 (PDT)<BR>Subject: Re: [gmx-users] the comm_mode<BR><BR>Generally, linear. For simulation in vacumm, you need rotation.<BR><BR>With big molecules, equilibration may not be done thoroughly; this may result in very obivious rotation that Linear can not prevent. So visualize your trajectory and check your molecule. If it happens, you need to apply Rotation in the beginning of your simulation for a few ns.<BR><BR>Regards,<BR>Yang Ye<BR><BR><BR><BR>----- Original Message ----<BR>From: Dechang Li &lt;li.dc06@gmail.com&gt;<BR>To: gmx-users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Sent: Sunday, October 14, 2007 5:34:35 PM<BR>Subject: [gmx-users] the comm_mode<BR><BR><BR>Dear all,<BR><BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;There are three options of
 comm_mode: Linear, Angular and none.<BR>The option Angular is said that "Remove center of mass translation<BR>and rotation around the center of mass". Does it mean the option<BR>Angular remove the translation and rotation BOTH ?<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;If I want to do a simulation such as a protein in the explicit<BR>water, which option would be better? Or it will be the same?<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thank you for your reply.<BR><BR><BR>Best regards,<BR><BR>2007-10-14<BR>        <BR><BR>=========================================<BR>Dechang Li, PhD Candidate<BR>Department of Engineering Mechanics<BR>Tsinghua University<BR>Beijing 100084<BR>PR China<BR><BR>Tel:&nbsp;&nbsp; +86-10-62773779(O)<BR>Email: li.dc06@gmail.com<BR>=========================================</DIV></DIV><BR></DIV></div></body></html>