Hi <br><br>This question is about trying to make sure that I am doing the right thing while trying to use tpbconv to restart jobs. <br><br>After minimization, for the first dynamics run, I use gen_vel = yes. For subsequent restart runs however, gen_vel must be set to no. After the first dynamics run of 200ps, my output is 
mol-1.edr/trr, and the input for the first dynamics run was mol-1.tpr<br><br>I can then try to extend the simulation beyond 200 ps using tpbconv with the following options:<br><br>tpbconv -f mol-1.trr -s mol-1.tpr -e mol-1.edr
 -extend 200 -o mol-2.tpr<br><br>The problem with this, however, is that mol-1.tpr was built with gen_vel = yes, which should not be the case when one is restarting the simulation. First question: will this matter at all, because the velocities should be read from the .trr file anyway, and that should overwrite the information in the tpr file ? 
<br><br>In order to circumvent the problem, and avoid deshuffling and reshuffling, I wrote another .tpr file for the first dynamics run but with gen_vel set to no. I did not use this tpr file to run the simulation. Lets call this tpr file 
mol-novelocity-1.tpr. So, the only difference between mol-1.tpr and mol-novelocity-1.tpr is that the former has initialized velocities, while the latter does not. <br><br>Now, I can use tpbconv to restart the simulation as follows:
<br><br>tpbconv -s mol-1.tpr -f mol-1.trr&nbsp; -e mol-1.edr -extend 200 -o mol-2.tpr<br><br>I just wanted to confirm if what I am doing makes sense ? Thanks very much for the help ! <br><br>-Himanshu<br><br><br>
<br><br><br><br><br>