<div>Maybe there has been some mistake during your calculations? </div>
<div>No, g_covar gives the average&nbsp;covariance matrix. You can check this matrix with the command -ascii.&nbsp;<br>If you have used your own program to calculate&nbsp;entropy&nbsp;double check units conversion stuff.&nbsp;&nbsp;<br>&nbsp;</div>
<div>Regards.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Pedro.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">2007/10/18, Naser, Md Abu &lt;<a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk</a>&gt;:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<p><font size="2">Hi Pedro,<br><br>Thank you for your attention to my email. Yes, I am using Schlitter equation and the<br>rusult is cumulative. The entropy is meant to be decreased as the protein is stick<br>on to a surface.
<br><br>I have used the entire protein as a subset. Is the programme takes the final structure<br>for calculating covariance?<span class="q"><br><br>With regards,<br><br>Abu Naser<br><br>School Of Life Sciences<br>Heriot-Watt University
<br>Edinburgh EH14 4AS<br>Email: <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:mn2@hw.ac.uk" target="_blank">mn2@hw.ac.uk</a><br>Phone: +44(0)1314518265<br>Fax : +44(0) 131 451 3009<br><br><br><br>
<br><br><br></span>
<div><span class="e" id="q_115b3f29e56ad02d_2">-----Original Message-----<br>From: <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org
</a> on behalf of Pedro Alexandre de Araújo Gomes Lapido Loureiro<br>Sent: Thu 18/10/2007 1:47 PM<br>To: Discussion list for GROMACS users<br>Subject: Re: [gmx-users] qasi-harmonic entropy calculation<br><br>Hi,<br><br>I understand you are using the Schlitter equation, is that so?
<br>Could you give more details? Such as, what subset of atoms are you using to<br>calculate the entropy? Are you calculating it in dt time frames or are your<br>results cumulative? Why do you expect the entropy to decrease?
<br><br>Regards,<br><br>Pedro.<br><br><br>2007/10/18, Naser, Md Abu &lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:mn2@hw.ac.uk" target="_blank">mn2@hw.ac.uk</a>&gt;:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; Hi all user,
<br>&gt;<br>&gt; I have calculated entroy over time from eigenvalue(g_covar) and<br>&gt; the result shows that the entropy decreasing towards zeo. The results<br>&gt; is ok as far as it decreases. But I do not understand why it is
<br>&gt; approaching<br>&gt; to zero towards the end of the simulation. Can anyone explain why?<br>&gt;<br>&gt; I would appreciate your response.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; With regards,<br>&gt; Abu Naser<br>&gt;<br>&gt; School Of Life Sciences
<br>&gt; Heriot-Watt University<br>&gt; Edinburgh EH14 4AS<br>&gt; Email: <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:mn2@hw.ac.uk" target="_blank">mn2@hw.ac.uk</a><br>&gt; Phone: +44(0)1314518265
<br>&gt; Fax : +44(0) 131 451 3009<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br><br></span></div></font>
<p></p></p></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>