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<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Dear Sir,<br><br>I am running Molecular dynamics simulation. Using other constraints the program is running very fast but if&nbsp; I am using constraints = h-angles or all-angles the program is taking too much of time (running since last 12 hours).<br><br>Kindly suggest me that is it the normal behavior of the program or something went wrong with my data.<br><br>Regards<br>&nbsp;  <br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Be loud and noisy<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Take frame at or first after this time.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Generate statusfile for # nodes<br>-[no]shuffle&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle molecules over nodes<br>&nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sort molecules according to X coordinate<br>-[no]rmvsbds&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant bonded interactions with vi<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Releative load capacity of each node on a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; parallel machine. Be sure to use quotes aro<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the string, which should contain a number f<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; each node<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Number of warnings after which input proces<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; stops<br>-[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove 1-4 interactions without Van der Waa<br>&nbsp; -[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes<br><br>creating statusfile for 1 node...<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.16#<br>checking input for internal consistency...<br>calling /usr/bin/cpp...<br>processing topology...<br>Generated 279 of the 1225 non-bonded parameter combinations<br>Excluding 3 bonded neighbours for Protein_A 1<br>turning all bonds and H angles into constraints...<br><br></div><br /><hr />Help yourself to FREE treats served up daily at the Messenger Café. <a href='http://www.cafemessenger.com/info/info_sweetstuff2.html?ocid=TXT_TAGLM_OctWLtagline' target='_new'>Stop by today!</a></body>

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