<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV>Doing&nbsp;position-restrained&nbsp;simulation is useful to equilibrate&nbsp;solvent and ions. If you would like to study the dynamics&nbsp;of the peptide, PRMD doesn't help.&nbsp;PRMD is usually performed before production run for a duration&nbsp;from&nbsp;several hundred&nbsp;ps to 1ns.<BR>&nbsp;</DIV>Regards,<BR>Yang Ye 
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: sarbani chattopadhyay &lt;sarbani_c84@rediffmail.com&gt;<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Sent: Tuesday, October 23, 2007 1:35:14 PM<BR>Subject: [gmx-users] Position restricted md<BR><BR>
<P>&nbsp; <BR>Hi,<BR>&nbsp; I am new to the field of MD.I want to know what is the effectivity of position restricted MD <BR>ie. where is the advantage of doing Position restricted MD.I have a small peptide of 3 <BR>reidues.Is it necessary to do a Position restricted MD. What difference will it make?<BR>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I may sound very unintelligent but any suggestions are welcome.<BR><BR>THANKS&nbsp; in advance.<BR>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Sarbani </P><BR><BR>
<TABLE style="FONT-SIZE: 11px; LINE-HEIGHT: 15px; FONT-FAMILY: Verdana" height=57 cellSpacing=0 cellPadding=0 width=644 border=0>
<TBODY>
<TR>
<TD><A href="http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1485698_1478891/1485134/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null target=new" target=_blank rel=nofollow><IMG alt=ICICI src="http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1485698_1478891/creative_1485134.gif" border=0></A></TD></TR></TBODY></TABLE>
<DIV><BR><BR>-----Inline Attachment Follows-----<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target=_blank rel=nofollow ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank rel=nofollow>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank rel=nofollow>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target=_blank rel=nofollow ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank
 rel=nofollow>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV></DIV><BR></DIV></DIV></DIV><BR></DIV></div></body></html>