<P>
&nbsp; yes , I had gone through the manual, but is that all? I mean to say that even if the protein <BR>
suffers from high solvent forces (though the energy minimisation can be done over the <BR>
whole system ie protein in solvated state) that may not pose much of a problem , in case we <BR>
simulate for sufficiently long time.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; I am sorry if I understood wrong.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Sarbani<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
<BR>
<BR>
On Tue, 23 Oct 2007 Mark Abraham wrote :<BR>
&gt;sarbani chattopadhyay wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hi,<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  I am new to the field of MD.I want to know what is the effectivity of position restricted <BR>
MD<BR>
&gt;&gt;ie. where is the advantage of doing Position restricted MD.I have a small peptide of 3<BR>
&gt;&gt;reidues.Is it necessary to do a Position restricted MD. What difference will it make?<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I may sound very unintelligent but any suggestions are welcome.<BR>
&gt;<BR>
&gt;Have you checked out the section on position restraints in the GROMACS manual?<BR>
&gt;<BR>
&gt;Mark<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <BR>
gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1485698_1478891/1485134/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1485698_1478891/creative_1485134.gif  alt='ICICI'  border=0></a></td></TR></Table>