<P>
&nbsp; I understand.Thank you for the comparative analysis.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sarbani<BR>
<BR>
<BR>
On Tue, 23 Oct 2007 Mark Abraham wrote :<BR>
&gt;sarbani chattopadhyay wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp;  yes , I had gone through the manual, but is that all? I mean to say that even if the <BR>
protein<BR>
&gt;&gt;suffers from high solvent forces (though the energy minimisation can be done over the<BR>
&gt;&gt;whole system ie protein in solvated state) that may not pose much of a problem , in case <BR>
we<BR>
&gt;&gt;simulate for sufficiently long time.<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  I am sorry if I understood wrong.<BR>
&gt;<BR>
&gt;What will converge to an equilibrium ensemble faster, a structure that started off physical, <BR>
had its solvent relaxed while it was under position restraints, and then relaxed itself without <BR>
the constraints, or one that was kicked around violently by the initial solvent?<BR>
&gt;<BR>
&gt;Mark<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <BR>
gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>

</P>
<br><br>