<br><span class="gmail_quote"></span><span style="color: rgb(51, 102, 255);">Dear all,</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><span style="color: rgb(51, 102, 255);">I have a problem in the generation of the topology file of a ligand 
</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><span style="color: rgb(51, 102, 255);">using x2top program. I think that it&#39;s a problem with</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><span style="color: rgb(51, 102, 255);">


the detection of the connectivity by the program.I am</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><span style="color: rgb(51, 102, 255);">using the version 3.3.2 of Gromacs.</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><br style="color: rgb(51, 102, 255);">


<span style="color: rgb(51, 102, 255);">As an example&nbsp; i have take only a fragment of my molecule,</span><br style="color: rgb(51, 102, 255);"><span style="color: rgb(51, 102, 255);">that it&#39;s a benzamidine group.</span>


<br><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.230&nbsp; -1.842&nbsp;&nbsp; 0.078&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.039&nbsp;&nbsp; 0.308&nbsp;&nbsp; 0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.010&nbsp; -2.531&nbsp;&nbsp; 0.093&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.225&nbsp; -1.801&nbsp;&nbsp; 0.134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.200&nbsp; -0.384&nbsp;&nbsp; 0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.046&nbsp;&nbsp; 2.022&nbsp;&nbsp; 0.175&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.254&nbsp; -0.424&nbsp;&nbsp; 0.102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.193&nbsp; -2.420&nbsp;&nbsp; 0.045&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.029&nbsp; -3.654&nbsp;&nbsp; 0.071&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.494&nbsp;&nbsp; 2.171&nbsp;&nbsp; 1.516&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.807&nbsp;&nbsp; 3.690&nbsp;&nbsp; 0.913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.997&nbsp;&nbsp; 2.551&nbsp; -0.694&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.660&nbsp;&nbsp; 3.385&nbsp; -1.519&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.163&nbsp;&nbsp; 0.193&nbsp;&nbsp; 0.197&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.208&nbsp; -2.346&nbsp;&nbsp; 0.142&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; H&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.237&nbsp;&nbsp; 0.119&nbsp;&nbsp; 0.084&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.826&nbsp;&nbsp; 2.661&nbsp;&nbsp; 0.908&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ABK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.999&nbsp;&nbsp; 2.793&nbsp; -0.751&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N
</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 16</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);">


<span style="color: rgb(0, 0, 0);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">


CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 15</span><br style="color: rgb(0, 0, 0);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 14</span><br style="color: rgb(102, 102, 102);"><span style="color: rgb(102, 102, 102);">CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 18
</span><br><span style="background-color: rgb(255, 153, 102);"></span>CONECT&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11<br>CONECT&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 13<br><br><span style="color: rgb(51, 102, 255);">when i run x2top program i obtained</span>:<br>


<br>&nbsp;WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this can deviate from the real mass of the atom type<br>Opening library file /software2/gromacs-3.3.2/exe/share/gromacs/top/aminoacids.dat
<br>Opening library file /software2/gromacs-3.3.2/exe/share/gromacs/top/atommass.dat<br>Opening library file /software2/gromacs-3.3.2/exe/share/gromacs/top/vdwradii.dat<br>Opening library file /software2/gromacs-3.3.2/exe/share/gromacs/top/dgsolv.dat
<br>#Entries in atommass.dat: 83 vdwradii.dat: 27 dgsolv.dat: 7<br>Looking whether force field files exist<br>Opening library file /software2/gromacs-3.3.2/exe/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>Opening library file ffoplsaa.n2t


<br>WARNING: all CONECT records are ignored<br>Opening library file ffoplsaa.n2t<br>There are 21 name to type translations<br>Generating bonds from distances...<br>atom 18<br><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">


Can not find forcefield for atom C-2 with 2 bonds</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 51);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Can not find forcefield for atom C-6 with 1 bonds</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 51);">


<span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Can not find forcefield for atom N-17 with 2 bonds</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 51);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Can not find forcefield for atom N-18 with 3 bonds
</span><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program x2top, VERSION 3.3.2<br>Source code file: x2top.c, line: 206<br><br>Fatal error:<br>Could only find a forcefield type for 14 out of 18 atoms
<br><br><br><font style="color: rgb(51, 102, 255);" size="2">I know that i can add these atoms to the ffoplsaa.n2t file. But what i<br>don&#39;t understand is that the program says that C6 atom is attached by 1 bond, whereas
<br>in fact it&#39;s attached to 3 atoms. C2 has 3 bonds (not 2) and N17 has 3 bonds (not 2). <br>I tried to include the atoms in the ffoplsaa.n2t but i must did it in the wong connectivity.<br><br>Thanks in avance for your help and best regards,
<br><br>Patricia<br></font><br><br>