Hello, I was wondering if perhaps someone could help me out with running a simulation of an infinite CNT.&nbsp; I have searched through the archives before and have tried all of the suggestions I was able to find but still can&#39;t seem to figure out what the problem is so I decided it best to try and ask for direct help.&nbsp; Here is what I have done:

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1) Taken the PDB file which is exactly the structure for the tube and converted it to a gro file with the proper dimensions for periodic height and ample room on the sides. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2) Used x2top to convert the gro file to a topology file using the &quot;-pbc&quot; option.&nbsp; In the topology file I see that it is infact specifying bonds between the carbons at the top of the tube and carbons at the bottom of the tube.

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3) I have tried running the simulation using different options for the pbc in the mdp file.&nbsp; I at first tried pbc = xyz but then changed that to full.&nbsp; I also tried fiddling with  non-bonded exclusion trying 3, 4, and 5.&nbsp; I also tried changing the time steps to shorter steps.

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4) When none of the above mentioned attempts seemed to work I tried making a new slightly shorter tube using the same method mentioned above. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regardless of what I seem to do every time the simulation yields the same results which is that it won&#39;t run.&nbsp; LINCS provides a warning for just about every carbon in the tube a handful of times and then reports that there were errors in the simulation.&nbsp; Upon reviewing what it had accomplished the ends of the tube, and 2 rows in the very middle of the tube crumple together and them fly apart presumably from how close together the atoms are forced there.&nbsp; I have a very strong suspicion that the simulation isn&#39;t recognizing that the atoms are actually bonded to atoms in the image (which would explain the crumpling from how close the atoms are to the periodic image) but cannot figure out how to actually achieve this recognition in the simulation.&nbsp; I read just recently that LINCS has problems with molecules containing a lot of bonds but then read the problem is more with the constraints applied.&nbsp; It doesn&#39;t seem like the error is in LINCS rather it is a lack of recognition of bonding between the actual molecule and the image.&nbsp; Thanks for your time, I hope I can get some help on this.

<br><br>(By the way, I am running the simulation on version 3.1.1 if that might account for any of the problems)<br><br>Sincerely,<br>Patrick<br>