Hi Sona,<br><br>If you use isotropic pressure coupling, there will be a single scaling factor for all three dimensions. So if the box lengths are equal at the start, they will always remain equal.<br><br>Best,<br><br>Tsjerk
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/1/07, <b class="gmail_sendername">Sona Aramyan</b> &lt;<a href="mailto:sona_aramyan@yahoo.com">sona_aramyan@yahoo.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thank you very much for your suggestion.<br>I&#39;ve checked out. I&#39;ve used isotropic&nbsp;&nbsp;pressure<br>coupling.<br>If anyone has more suggestion please share with me.<br><br>--- Alan Dodd &lt;<a href="mailto:anoddlad@yahoo.com">
anoddlad@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br><br>&gt; Did you perhaps use semiisotropic pressure coupling?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;I&#39;d expect the X-Y values to be the same for that.<br>&gt;<br>&gt; ----- Original Message ----<br>&gt; From: Sona Aramyan &lt;
<a href="mailto:sona_aramyan@yahoo.com">sona_aramyan@yahoo.com</a>&gt;<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users<br>&gt; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; Sent: Thursday, November 1, 2007 1:18:07 PM
<br>&gt; Subject: [gmx-users] Regarding Box-X Box-Y values<br>&gt; from g_energy<br>&gt;<br>&gt; Dear gmx-users<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I have a system consisting from 128dppc bilayer<br>&gt; which<br>&gt; I&#39;ve took from
<br>&gt;<br><a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies">http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</a>)<br>&gt; and 1 molecule of DALA. I have 2ns run of it. In my
<br>&gt; g_energy output energy.xvg, in which I have Box-X<br>&gt; Box-Y Box-Z values, the values of Box-X and&nbsp;&nbsp;Box-Y<br>&gt; at<br>&gt; every step of time have exactly same values.<br>&gt;<br>&gt; How can this two values change with the same
<br>&gt; quantity?<br>&gt;<br>&gt; Is this a real problem, can I use the results of the<br>&gt; it or something is wrong with this simulation?<br>&gt;<br>&gt; I&#39;m sending to you a part of my energy.xvg<br>&gt;<br>&gt; Any suggestions and advises will be very very
<br>&gt; appreciated.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; # This file was created by g_energy<br>&gt; # which is part of G R O M A C S:<br>&gt; # Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce<br>&gt; # All this happened at: Thu Oct 25 15:12:53 2007
<br>&gt; #<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;title &quot;Gromacs Energies&quot;<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;xaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;Time (ps)&quot;<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;E (kJ mol\S-1\N)&quot;<br>&gt; @TYPE xy<br>&gt; @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>&gt; @ legend on
<br>&gt; @ legend box on<br>&gt; @ legend loctype view<br>&gt; @ legend 0.78, 0.8<br>&gt; @ legend length 2<br>&gt; @ s0 legend &quot;Box-X&quot;<br>&gt; @ s1 legend &quot;Box-Y&quot;<br>&gt; @ s2 legend &quot;Box-Z&quot;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.343720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.343720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.777830<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.279631&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.279631&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.709337<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.246550&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.246550&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.673972<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 12.000001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.291696&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.291696&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.722235
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 16.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.703831<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 20.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259673&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259673&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.688022<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 24.000002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274458&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274458&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.703805<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 28.000002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269053&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269053&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.698055
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 32.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.273066&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.273066&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.702339<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 36.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.277720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.277720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.707294<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 40.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268405&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268405&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.697363<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 44.000004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.262165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.262165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.690718
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 48.000004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271516&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271516&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.700673<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 52.000004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.282900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.282900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.712825<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 56.000004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.696920<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 60.000004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275951&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275951&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.705416
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 64.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.283990&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.283990&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.713978<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 68.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.697258<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 72.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268672&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268672&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.697591<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 76.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.282032&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.282032&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.711858
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 80.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.705327<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 84.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271963&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271963&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.701087<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 88.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271978&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.701059<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 92.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.265982&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.265982&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.694634
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 96.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.272739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.272739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.701852<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 100.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.270991&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.270991&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.699977<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 104.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259323&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259323&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.687513<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 108.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.265584&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.265584&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.694173
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 112.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269279&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269279&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.698182<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 116.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.267590&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.267590&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.696383<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 120.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.266372&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.266372&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.695080<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 124.000008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.257270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.257270&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.685329
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 128.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.263762&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.263762&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.692231<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 132.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.272191&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.272191&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.701218<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 136.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.266236&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.266236&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.694935<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 140.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.261252&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.261252&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.689645
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 144.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259418&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.259418&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.687694<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 148.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268799&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.268799&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.697742<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 152.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.274210&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.703519<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 156.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269886&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269886&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.698938
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 160.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.273304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.273304&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.702565<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 164.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.270255&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.270255&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.699334<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 168.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.279771&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.279771&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.709496<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 172.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271050&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.271050&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.700203
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 176.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.258578&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.258578&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.686853<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 180.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269828&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.269828&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.698884<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 184.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.276379&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.276379&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.705905<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 188.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.260080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.260080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.688455
<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 192.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.261606&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.261606&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.690063<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 196.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275762&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.275762&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.705174<br>&gt;&nbsp;&nbsp; 200.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.263684&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.263684&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.692267<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; __________________________________________________
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</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>
P: +31-30-2539931&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>F: +31-30-2537623