<div><FONT size=3><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial">Hi</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div><FONT size=3><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial">I want to perform&nbsp;&nbsp; peptide + popc membrane simulation. I&nbsp;download popc128a.pdb from</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial">(</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"><A href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies"><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt">http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</SPAN></A></SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Arial">).</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div><FONT size=3><FONT face="Times New
 Roman">Before&nbsp;I introduce the peptide into the membrane, the water layer had to be broadened to ensure full solvation of the peptide .I increase the water layer using the following commands<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">1. editconf&nbsp; -f&nbsp; popc128a.pdb&nbsp; -o&nbsp; po_box.pdb&nbsp; -box&nbsp; 6.1065&nbsp; 6.1059 &nbsp;9.0000&nbsp; -c<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">2. genbox&nbsp; -cp&nbsp; po_box.pdb&nbsp; -cs&nbsp; -o&nbsp; po_sol.pdb&nbsp; -p&nbsp; lip.top<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">&nbsp;<o:p></o:p></FONT></FONT></div>  <div><FONT size=3><FONT face="Times New Roman">Now, the no. of water molecules over the bilayer <SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>increased . But, the problem is that&nbsp; there are water molecules inside the bilayer, which were absent incase of popc128a.pdb. How can I remove these
 offending water molecules?<o:p></o:p></FONT></FONT></div><p> 



      <!--1--><hr size=1></hr> Why delete messages? Unlimited storage is <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_mail_1/*http://help.yahoo.com/l/in/yahoo/mail/yahoomail/tools/tools-08.html/">just a click away.</a><p>&#32;


      <!--7--><hr size=1></hr> Meet people who discuss and share your passions. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_groups_7/*http://in.promos.yahoo.com/groups"> Join them now.</a>