Hey Gromacs Users,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to convert the zwitterionic form of glycine into a top and gro file from the pdb, while I appear to be able to do this with some efficiency by PRODRG is there a way to do this that keeps all my hydrogens in the same locations?&nbsp; This gets more complicated when I try and perform a similar thing on the anion, as I can generate the # of hydrogens etc. but I can&#39;t get it to freeze the hydrogen locations.&nbsp; Is there a way to generate the .gro and .top files directly from a PDB?
<br>Best,<br>Craig<br><br>Anionic Glycine PDB<br>REMARK 888<br>REMARK 888 WRITTEN BY MAESTRO (A PRODUCT OF SCHRODINGER, LLC)<br>TITLE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /glab/d1/craig/.schrodinger/tmp/12031/_mmoddat2<br>MODEL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.315&nbsp; -1.043&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C2&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.304&nbsp;&nbsp; 0.522&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; N1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.016&nbsp; -1.711&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1.456&nbsp;&nbsp; 1.075&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1-<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; O2&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.850&nbsp;&nbsp; 1.079&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; H1&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.885&nbsp; -1.385&nbsp;&nbsp; 0.880&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; H2&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.885&nbsp; -1.385&nbsp; -0.880&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; H3&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.520&nbsp; -1.279&nbsp;&nbsp; 0.789&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; H4&nbsp; UNK&nbsp;&nbsp; 900&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.520&nbsp; -1.279&nbsp; -0.789&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7
<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
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