Dear gromacs users,<br><br>&nbsp;&nbsp; I am simulating 2 identical peptide chains in a simulation box with water as solvent. To find the the equilibration, I wanted to calculate the energy of the peptide chains, separately, and then compare between them.&nbsp; 
<br><br>&nbsp;&nbsp; To do that, I changed the energygrps and tc-grps in my .mdp file to peptide_1, peptide_2 and SOL. But I got an error which stated :<br>&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; 14892 atoms are not part of any of the T-Coupling groups<br><br>&nbsp;&nbsp; In fact, I have include all the atoms in my .gro file with these 3 groups (peptide_1, peptide_2 and SOL).
<br><br>&nbsp;&nbsp; I appreciate any suggestion and advise. Thanks.<br> <br clear="all"><br>-- <br>Best regards,<br>Huey Ling