Dear all,<br>&nbsp; I am having a problem in running some post analysis commands like g_rdf on my computer . When my simulation is complete I type in the following command to calculate the radial distribution function for the system &quot; g_rdf -f 
traj.trr -s topol.tpr -o rdf.xvg -b 0 -e 20 &quot; and the program gives a message like this <br><br><br>:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 
3.3.1&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_rdf&nbsp; (-:<br>Select a reference group and 1 group
<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp;&nbsp; 648 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has&nbsp;&nbsp; 648 elements<br>Select a group: 1<br>Selected 1: &#39;SOL&#39;<br>Select a group: 1
<br>Selected 1: &#39;SOL&#39;<br>trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; <br><br>After displaying this line the program does nothing further . I checked for the installation of g_rdf and found it to be installed . My simulation was completed and for command like &quot;trjconv&quot; can read all the frames . Then why is &quot;g_rdf&quot; command failing to read all the frames?
<br><br>eagerly waiting for a reply.<br>Avinash Kumar<br>3rd year undergraduate<br>IIT Khragpur,India<br>Mechanical Engineering Department<br>