Robert,<br><br>Thank you for your help, and yes I am absolutely sure that the terminal carbons are specified as bonded in the topology file.&nbsp; I have used VMD and done calculations by hand to ensure their distance is correct.&nbsp; I am not applying any pressure coupling and I have also made sure that the tubes are sufficiently spaced apart (in the x and y directions).&nbsp; I actually stumbled upon the gromacs wiki on CNTs (by you) and have made sure to set everything as you have specified.&nbsp; It is still doing this crumpling though.&nbsp; I have tried running the simulation without LINCS to get some initial energy readings and the bond energy of my tube is on the order of 10^7 which is roughly what it should be if there were bonds that were stretched along the length of my entire tube rather than simply bonds fromed in the image.&nbsp; It just doesn&#39;t seem as though GROMACS is recognizing the periodic bonds.
<br><br>Here is part of the log file up until the errors: *NOTE* I have also tried performing an energy minimization but it results in the exact same output.&nbsp; I have also gone through the gro file to look at atoms 18, 1495 and 152, 153 both pairs are a perfectly fine distance (roughly 
1.421 A)&nbsp; Is there anything that I am missing?&nbsp; Thank you very much for your help.<br><br><br>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br>D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark and H. J. C.
<br>Berendsen<br>GROMACS: Fast, Flexible and Free<br>J. Comp. Chem. 26 (2005) pp. 1701-1719<br>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br><br><br>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br>E. Lindahl and B. Hess and D. van der Spoel
<br>GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis<br>J. Mol. Mod. 7 (2001) pp. 306-317<br>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br><br><br>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
<br>H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen<br>GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation<br>Comp. Phys. Comm. 91 (1995) pp. 43-56<br>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------
<br><br>Input Parameters:<br>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
&nbsp;&nbsp; bDomDecomp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; decomp_dir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>&nbsp;&nbsp; nstcheckpoint&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100
<br>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0005<br>&nbsp;&nbsp; xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000
<br>&nbsp;&nbsp; nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0
<br>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = TRUE<br>&nbsp;&nbsp; ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = full<br>&nbsp;&nbsp; bUncStart&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>&nbsp;&nbsp; epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Semiisotropic
<br>&nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00
,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; compress (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00
,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<br>&nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>
&nbsp;&nbsp; rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; tabext&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still<br>&nbsp;&nbsp; nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
&nbsp;&nbsp; rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>&nbsp;&nbsp; gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>&nbsp;&nbsp; DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>&nbsp;&nbsp; fudgeQQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>&nbsp;&nbsp; free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>&nbsp;&nbsp; init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0
<br>&nbsp;&nbsp; sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3<br>&nbsp;&nbsp; delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<br>&nbsp;&nbsp; disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000
<br>&nbsp;&nbsp; dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; dihre-fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; dihre-tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0
<br>&nbsp;&nbsp; nstdihreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>&nbsp;&nbsp; em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>&nbsp;&nbsp; em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>&nbsp;&nbsp; niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<br>&nbsp;&nbsp; fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>&nbsp;&nbsp; nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10
<br>&nbsp;&nbsp; ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>&nbsp;&nbsp; shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-04<br>&nbsp;&nbsp; lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>&nbsp;&nbsp; lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>&nbsp;&nbsp; bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1993
<br>&nbsp;&nbsp; cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; deform (3x3):<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 
0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0
<br>&nbsp;&nbsp; userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>grpopts:<br>&nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2457<br>&nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>&nbsp;&nbsp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>anneal:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; No<br>ann_npoints:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp; acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0
<br>&nbsp;&nbsp; nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>&nbsp;&nbsp; energygrp_flags[&nbsp; 0]: 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-x:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-xt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-y:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-yt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-z:
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-zt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; bQMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = FALSE<br>&nbsp;&nbsp; QMconstraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; QMMMscheme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>&nbsp;&nbsp; scalefactor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>qm_opts:<br>&nbsp;&nbsp; ngQM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
CPU=&nbsp; 0, lastcg= 1639, targetcg=&nbsp; 820, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>nsb-&gt;shift =&nbsp;&nbsp; 1, nsb-&gt;bshift=&nbsp; 0<br>Neighbor Search Blocks<br>nsb-&gt;nodeid:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>nsb-&gt;nnodes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>nsb-&gt;cgtotal:&nbsp; 1640<br>nsb-&gt;natoms:&nbsp;&nbsp; 1640
<br>nsb-&gt;shift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>nsb-&gt;bshift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>Nodeid&nbsp;&nbsp; index&nbsp; homenr&nbsp; cgload&nbsp; workload<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1640&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1640<br><br>Table routines are used for coulomb: FALSE<br>Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE
<br>Cut-off&#39;s:&nbsp;&nbsp; NS: 1&nbsp;&nbsp; Coulomb: 1&nbsp;&nbsp; LJ: 1<br>System total charge: 0.000<br>Removing pbc first time<br>Done rmpbc<br>Center of mass motion removal mode is Linear<br>We have the following groups for center of mass motion removal:
<br>&nbsp; 0:&nbsp; rest, initial mass: 19698.1<br>There are: 1640 Atoms<br><br>Constraining the starting coordinates (step -2)<br><br>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<br>H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, A. DiNola and J. R. Haak
<br>Molecular dynamics with coupling to an external bath<br>J. Chem. Phys. 81 (1984) pp. 3684-3690<br>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------<br><br><br>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++
<br>B. Hess and H. Bekker and H. J. C. Berendsen and J. G. E. M. Fraaije<br>LINCS: A Linear Constraint Solver for molecular simulations<br>J. Comp. Chem. 18 (1997) pp. 1463-1472<br>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------
<br><br><br>Initializing LINear Constraint Solver<br>&nbsp; number of constraints is 2460<br>&nbsp; average number of constraints coupled to one constraint is 4.0<br><br>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.460966&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 1495&nbsp;&nbsp; 2.822744<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.201852&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152&nbsp;&nbsp;&nbsp; 153&nbsp;&nbsp; 0.852419<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/1/07, <b class="gmail_sendername">Robert Johnson
</b> &lt;<a href="mailto:bobjohnson1981@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">bobjohnson1981@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Are you absolutely sure that the terminal carbon atoms are sharing a<br>bond in the topology file? Make sure of this. If they really ARE<br>bonded within the topology file, then I don&#39;t think the crumpling is<br>due to Gromacs incorrectly reading the topology (by the way, use
<br>pbc=full). Provided that the topology file is correct, the crumpling<br>may be due to placing the nanotube in a box of wrong dimension. Use<br>VMD to visualize the nanotube and its periodic images and make sure<br>that the space between images is correct. If the spacing is too small
<br>or too big, there will be a large amount of stress induced in the tube<br>which will lead to crumpling or stretching. Don&#39;t apply pressure<br>coupling along the axis of the nanotube. In fact, for debugging<br>purposes, it might be better to turn off pressure coupling altogether
<br>until you figure out what&#39;s going wrong.<br>Bob<br><br>On Nov 1, 2007 3:29 PM, Patrick Lafond &lt;<a href="mailto:patlafond@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">patlafond@gmail.com
</a>&gt; wrote:<br>&gt; Hello, I was wondering if perhaps someone could help me out with running a
<br>&gt; simulation of an infinite CNT.&nbsp;&nbsp;I have searched through the archives before<br>&gt; and have tried all of the suggestions I was able to find but still can&#39;t<br>&gt; seem to figure out what the problem is so I decided it best to try and ask
<br>&gt; for direct help.&nbsp;&nbsp;Here is what I have done:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1) Taken the PDB file which is exactly the structure for the tube and<br>&gt; converted it to a gro file with the proper dimensions for periodic height
<br>&gt; and ample room on the sides.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2) Used x2top to convert the gro file to a topology file using the<br>&gt; &quot;-pbc&quot; option.&nbsp;&nbsp;In the topology file I see that it is infact specifying<br>&gt; bonds between the carbons at the top of the tube and carbons at the bottom
<br>&gt; of the tube.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3) I have tried running the simulation using different options for the<br>&gt; pbc in the mdp file.&nbsp;&nbsp;I at first tried pbc = xyz but then changed that to<br>&gt; full.&nbsp;&nbsp;I also tried fiddling with
<br>&gt; non-bonded exclusion trying 3, 4, and 5.&nbsp;&nbsp;I also tried changing the time<br>&gt; steps to shorter steps.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4) When none of the above mentioned attempts seemed to work I tried<br>&gt; making a new slightly shorter tube using the same method mentioned above.
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Regardless of what I seem to do every time the simulation yields the<br>&gt; same results which is that it won&#39;t run.&nbsp;&nbsp;LINCS provides a warning for just<br>&gt; about every carbon in the tube a handful of times and then reports that
<br>&gt; there were errors in the simulation.&nbsp;&nbsp;Upon reviewing what it had<br>&gt; accomplished the ends of the tube, and 2 rows in the very middle of the tube<br>&gt; crumple together and them fly apart presumably from how close together the
<br>&gt; atoms are forced there.&nbsp;&nbsp;I have a very strong suspicion that the simulation<br>&gt; isn&#39;t recognizing that the atoms are actually bonded to atoms in the image<br>&gt; (which would explain the crumpling from how close the atoms are to the
<br>&gt; periodic image) but cannot figure out how to actually achieve this<br>&gt; recognition in the simulation.&nbsp;&nbsp;I read just recently that LINCS has problems<br>&gt; with molecules containing a lot of bonds but then read the problem is more
<br>&gt; with the constraints applied.&nbsp;&nbsp;It doesn&#39;t seem like the error is in LINCS<br>&gt; rather it is a lack of recognition of bonding between the actual molecule<br>&gt; and the image.&nbsp;&nbsp;Thanks for your time, I hope I can get some help on this.
<br>&gt;<br>&gt; (By the way, I am running the simulation on version 3.1.1 if that might<br>&gt; account for any of the problems)<br>&gt;<br>&gt; Sincerely,<br>&gt; Patrick<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________
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