Hell my friend, i dont need any of this messages from all the members of this board, please help alert the board, its bored reading them all, i want to unsubscribe from the group<BR><BR><B><I>Yang Ye &lt;leafyoung@yahoo.com&gt;</I></B> wrote:  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">it could not be possible since amber force field doesn't parameterized <BR>NLYN. alternative, use ACE/NME to cap the peptide.<BR><BR>On 11/9/2007 7:36 PM, Hu Zhongqiao wrote:<BR>&gt;<BR>&gt; Hi,<BR>&gt;<BR>&gt; <BR>&gt;<BR>&gt; I am using amber force field in Gromacs. The protein I simulated is <BR>&gt; the lysozyme (PDBID: 1HEL). I want to set all lysine residues to be <BR>&gt; neutral. According to rules using Amber in Gromacs, neutral lysine <BR>&gt; should be named to LYN. Everything goes smoothly except the N-terminal <BR>&gt; lysine residue. It should carry +1 unit charge due to its location. <BR>&gt; According to the rules, I
 should rename this residue as NLYN. But I <BR>&gt; can not find NLYN in ffamber*.rtp. In other words, error will appear <BR>&gt; if I do so. I did not get response from Dear Dr. Eric J. Sorin who <BR>&gt; establish amber port into gromacs. So anyone knows how to set <BR>&gt; N-terminal lysine residue carry +1, not +2 unit charges using Amber FF <BR>&gt; in gmx?<BR>&gt;<BR>&gt; <BR>&gt;<BR>&gt; Zhongqiao<BR>&gt;<BR>&gt; <BR>&gt;<BR>&gt; National University of Singapore<BR>&gt;<BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read
 http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com