<span class="q">Hi all,<br><br>Is it feasible to do parallel tempering (replica exchange) as a function of distance with umbrella sampling applied?<br><br>I can do REMD for a system containing 2 peptide chains as a function as temperatures, where I grompp each of the systems at different temperatures, and then gather the 
fullmd.tpr files in one folder with the script I want for full md run. <br><br>But what if I want to do REMD as a function of distances </span><span class="q">(for example at 0.4, 0.6, 0.8, 1.0 nm between the chains, defined in the 
pull.ppa file)</span><span class="q">, at a fixed temperature, with umbrella sampling applied? If this can be done, how should I write the script for the full md run so that each of the pull.ppa files can recognise the system that it suppose to pull?
<br><br></span><span class="q">If anyone know how this can be done?</span><br><span class="q"><br>Many thanks.</span><br clear="all"><br>-- <br>Best regards,<br>Huey Ling