please stop mailing me, i am tired of all this mails<BR><BR><B><I>"Mu Yuguang (Dr)" &lt;YGMu@ntu.edu.sg&gt;</I></B> wrote:  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">  <META content="Microsoft Word 11 (filtered medium)" name=Generator>  <STYLE>  v\:* {behavior:url(#default#VML);}  o\:* {behavior:url(#default#VML);}  w\:* {behavior:url(#default#VML);}  .shape {behavior:url(#default#VML);}  </STYLE>  <?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:SmartTagType name="Street" namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"></o:SmartTagType><o:SmartTagType name="PlaceName" namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"></o:SmartTagType><o:SmartTagType name="PlaceType" namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"></o:SmartTagType><o:SmartTagType name="place" namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"></o:SmartTagType><o:SmartTagType
 name="address" namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"></o:SmartTagType>  <STYLE>  st1\:*{behavior:url(#default#ieooui) }  </STYLE>    <STYLE>  <!--   /* Font Definitions */   @font-face   {font-family:SimSun;   panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}  @font-face   {font-family:Tahoma;   panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}  @font-face   {font-family:"\@SimSun";   panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}   /* Style Definitions */   p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal   {margin:0in;   margin-bottom:.0001pt;   font-size:12.0pt;   font-family:"Times New Roman";}  a:link, span.MsoHyperlink   {color:blue;   text-decoration:underline;}  a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed   {color:purple;   text-decoration:underline;}  span.EmailStyle18   {mso-style-type:personal-reply;   font-family:Arial;   color:navy;}  @page Section1   {size:595.45pt 841.7pt;   margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;}  div.Section1   {page:Section1;}  -->  </STYLE>    <DIV class=Section1>  <div
 class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">Dear Huey Ling,<o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">In principle it is applicable. Then such REMD can be termed as Hamiltonian REMD instead of canonical temperature REMD.<o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></div>  <DIV>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">Dr. Yuguang Mu</SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><?xml:namespace prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:place w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on"><FONT face=Arial
 color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">School</SPAN></FONT></st1:PlaceType><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial"> of <st1:PlaceName w:st="on">Biological</st1:PlaceName></SPAN></FONT></st1:place><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial"> Sciences</SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><st1:Street w:st="on"><st1:address w:st="on"><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">60 Nanyang Drive</SPAN></FONT></st1:address></st1:Street><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial"> </SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE:
 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">Nanyang Technological Uiversity</SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">Singapre</SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">Tel: +65-63162885</SPAN></FONT><FONT color=navy><SPAN style="COLOR: navy"><o:p></o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><FONT face=Arial color=navy size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: navy; FONT-FAMILY: Arial">email:ygmuATntu.edu.sg</SPAN></FONT><o:p></o:p></div></DIV>  <DIV>  <DIV class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: center" align=center><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt">  <HR tabIndex=-1 align=center width="100%" SIZE=2> 
 </SPAN></FONT></DIV>  <div class=MsoNormal><B><FONT face=Tahoma size=2><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold; FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Tahoma">From:</SPAN></FONT></B><FONT face=Tahoma size=2><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Tahoma"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">On Behalf Of </SPAN></B>Huey Ling Tan<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Tuesday, November 13, 2007 2:24 AM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Discussion list for GROMACS users<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> [gmx-users] REMD As A Function of Distance Between 2 Chains</SPAN></FONT><o:p></o:p></div></DIV>  <div class=MsoNormal><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></FONT></div>  <div class=MsoNormal><SPAN class=q><FONT face="Times New Roman" size=3><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt">Hi all,</SPAN></FONT></SPAN><BR><BR><SPAN
 class=q>Is it feasible to do parallel tempering (replica exchange) as a function of distance with umbrella sampling applied?</SPAN><BR><BR><SPAN class=q>I can do REMD for a system containing 2 peptide chains as a function as temperatures, where I grompp each of the systems at different temperatures, and then gather the fullmd.tpr files in one folder with the script I want for full md run. </SPAN><BR><BR><SPAN class=q>But what if I want to do REMD as a function of distances (for example at 0.4, 0.6, 0.8, 1.0 nm between the chains, defined in the pull.ppa file), at a fixed temperature, with umbrella sampling applied? If this can be done, how should I write the script for the full md run so that each of the pull.ppa files can recognise the system that it suppose to pull? </SPAN><BR><BR><SPAN class=q>If anyone know how this can be done?</SPAN><BR><BR><SPAN class=q>Many thanks.</SPAN><BR clear=all><BR>-- <BR>Best regards,<BR>Huey Ling
 <o:p></o:p></div></DIV>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
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