<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Hi,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I'm studying protein-protein interaction, and have done extensive h-bond statistics. I'm still using g_hbond 3.1.4 for compatibility of the angle and distance criteria with older work (and there was at some point a segmentation fault problem with newer versions). Now looking at single occurences of h-bonds, I noticed some weird things : a series of NH2 -NH3 encounters between a GLN and a LYS reported as an h-bond, for example...</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Does the -nitacc option mean that _any_ nitrogen atom is automatically considered an acceptor ? Why would this surprising behavior be set by default ? Only nitrogens with a lone pair of electrons can be acceptors, such as the unprotonated one in histidines. Without the -nitacc option, does g_hbond completely neglect hbonds involving _any_ nitrogen acceptor ?</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Please tell me if I misunderstand something. Or has the behavior of g_hbond been modified in later versions of gromacs regarding the N-acceptor behavior ?</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Thanks,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Michel</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>==========================================================</DIV><DIV>Michel Cuendet, Ph.D</DIV><DIV>Molecular Modeling Group</DIV><DIV>Swiss Institute of Bioinformatics</DIV><DIV>CH-1015 Lausanne</DIV><DIV>Switzerland</DIV><DIV>==========================================================</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></SPAN> </DIV><BR></BODY></HTML>