<P>
 Friends,<BR>
<BR>
&nbsp; I would like to simulate a box of water&nbsp; (TIP5P model), with 258 water molecules. When I tried to build up the .top, .gro and .ndx files using the command pdb2gmx -p -i -n -o -f tip5p_W.pdb,<BR>
<BR>
I got an error message : input/ output error, program aborted.<BR>
<BR>
MY input structure, ie, tip5p_W.pdb contains the co ordinates for the solvent box and therefore I dont need to solvate it again!!<BR>
<BR>
Could you suggest the exact way to build up thes files ( .top, .gro, .ndx, .itp ) with a starting structure (.pdb files)?<BR>
<BR>
<BR>
regards,<BR>
Jestin Mandumpal<BR>

</P>
<br><br>