Hi All <br><br>I simulated a cubic box of 2180 TIP3P water molecules using gmx 3.3 and PME for 400 ps and extracted the interaction energy of a randomly picked water molecule with rest of the system. <br>Simulation was done at 298K and 1bar and usual procedure for generating a water box and equilibration were used. 
<br><br>Average interaction energy reported in the log file was <br> Epot (kJ/mol) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Coul-SR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ-SR &nbsp; <br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; WAT-rest &nbsp; -8.13828e+01 &nbsp; &nbsp;1.21886e+01<br><br>giving a total of &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-8.13828e+01 &nbsp;+ 1.21886e+01
 = -69.194 kJ/mol <br><br>Comparing with published numbers using other MD programs this should be in the range of -81 +/- 1 kJ/mol i.e. ~11 kJ/mol less. <br><br>any clues on origin of this discrepancy ? &nbsp;relevant .top , .mdp files are below. 
<br><br>Thanks<br>Sandeep <br><br><br>;-----------------------<br><b>;MD.MDP for bulk TIP3P </b><br>;-----------------------<br>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;/usr/bin/cpp<br>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;all-bonds<br>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;md
<br>tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.0<br>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;<br>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;200000 ; 400 &nbsp;ps &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1<br>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;50 <br>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;50<br>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;50 &nbsp;
<br>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;50 <br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;5<br>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;WAT<br>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid<br>;PME<br>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;PME<br>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.9<br>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.9<br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.9<br>fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.12<br>pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;4<br>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1e-5<br>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;yes<br>; Temperature coupling <br>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;berendsen<br>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; SOL WAT &nbsp; &nbsp; 
<br>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 0.1 0.1 &nbsp; <br>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;298 &nbsp;298 &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;berendsen <br>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;isotropic<br>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;0.5<br>compressibility &nbsp; &nbsp; = &nbsp;
4.5e-5<br>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0<br>;-----------------------<br><b>; TOP FILE FOR TIP3P BULK </b><br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br>; Include water topology<br>#include &quot;tip3p.itp
&quot;<br>[ system ]<br>; Name<br>bulk water<br>[ molecules ]<br>; Compound &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;#mols<br>SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2180 <br>----------------------<br><br><b>bits of log file from production run:</b><br><br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;====== &nbsp;############### &nbsp;==&gt;
<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;==== &nbsp;A V E R A G E S &nbsp;====&gt;<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;== &nbsp;############### &nbsp;======&gt;<br><br> &nbsp; Energies (kJ/mol)<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ (SR) &nbsp; Coulomb (SR) &nbsp; Coul. recip. &nbsp; &nbsp; &nbsp;Potential &nbsp; &nbsp;Kinetic En.<br> &nbsp; &nbsp;1.35174e+04 &nbsp; -
8.91571e+04 &nbsp; -1.10392e+04 &nbsp; -8.66790e+04 &nbsp; &nbsp;1.61998e+04<br> &nbsp; Total Energy &nbsp; &nbsp;Temperature Pressure (bar)<br> &nbsp; -7.04792e+04 &nbsp; &nbsp;2.97985e+02 &nbsp; &nbsp;2.27514e+00<br><br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box-Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Box-Z &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Volume &nbsp; Density (SI)
<br> &nbsp; &nbsp;4.06327e+00 &nbsp; &nbsp;4.06327e+00 &nbsp; &nbsp;4.06327e+00 &nbsp; &nbsp;6.70858e+01 &nbsp; &nbsp;9.72133e+02<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pV<br> &nbsp; &nbsp;9.03527e+00<br><br> &nbsp; Total Virial (kJ/mol)<br> &nbsp; &nbsp;5.40366e+03 &nbsp; -6.97436e+00 &nbsp; &nbsp;2.78681e+00<br> &nbsp; -6.97436e+00 &nbsp; &nbsp;
5.38940e+03 &nbsp; -2.37439e+00<br> &nbsp; &nbsp;2.78681e+00 &nbsp; -2.37439e+00 &nbsp; &nbsp;5.39318e+03<br><br> &nbsp; Pressure (bar)<br> &nbsp; -2.28378e+00 &nbsp; &nbsp;3.27978e+00 &nbsp; -1.13390e+00<br> &nbsp; &nbsp;3.27978e+00 &nbsp; &nbsp;4.65423e+00 &nbsp; &nbsp;1.52221e+00<br> &nbsp; -1.13390e+00 &nbsp; &nbsp;
1.52221e+00 &nbsp; &nbsp;4.45496e+00<br><br> &nbsp; Total Dipole (Debye)<br> &nbsp; &nbsp;3.23351e+00 &nbsp; -1.12569e+01 &nbsp; &nbsp;1.42062e+01<br><br> &nbsp;Epot (kJ/mol) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Coul-SR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ-SR &nbsp; <br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;WAT-WAT &nbsp; &nbsp;0.00000e+00 &nbsp; &nbsp;0.00000e+00<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; WAT-rest &nbsp; -
8.13828e+01 &nbsp; &nbsp;1.21886e+01<br> &nbsp; &nbsp; &nbsp;rest-rest &nbsp; -8.90758e+04 &nbsp; &nbsp;1.35052e+04<br><br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;T-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;T-WAT<br> &nbsp; &nbsp;2.97985e+02 &nbsp; &nbsp;2.97422e+02<br><br><br> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S &nbsp; A C C O U N T I N G<br><br> &nbsp; RF=Reaction-Field &nbsp;FE=Free Energy &nbsp;SCFE=Soft-Core/Free Energy
<br> &nbsp; T=Tabulated &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;W3=SPC/TIP3p &nbsp; &nbsp;W4=TIP4p (single or pairs)<br> &nbsp; NF=No Forces<br><br> Computing: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Number &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; M-Flops &nbsp;% of Flops<br>-----------------------------------------------------------------------
<br> Coul(T) + LJ [W3-W3] &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;21419.733112 &nbsp;8182338.048784 &nbsp; &nbsp;66.4<br> Outer nonbonded loop &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3168.782232 &nbsp; &nbsp;31687.822320 &nbsp; &nbsp; 0.3<br> Spread Q Bspline &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;83712.418560 &nbsp; 167424.837120 &nbsp; &nbsp; 1.4<br> Gather F Bspline &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
83712.418560 &nbsp;1004549.022720 &nbsp; &nbsp; 8.2<br> 3D-FFT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 263902.919508 &nbsp;2111223.356064 &nbsp; &nbsp;17.1<br> Solve PME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4287.521437 &nbsp; 274401.372000 &nbsp; &nbsp; 2.2<br> NS-Pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;10955.692493
 &nbsp; 230069.542353 &nbsp; &nbsp; 1.9<br> Reset In Box &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;261.606540 &nbsp; &nbsp; 2354.458860 &nbsp; &nbsp; 0.0<br> Shift-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2616.013080 &nbsp; &nbsp;15696.078480 &nbsp; &nbsp; 0.1<br> CG-CoM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 87.202180 &nbsp; &nbsp; 2528.863220
 &nbsp; &nbsp; 0.0<br> Virial &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1313.406567 &nbsp; &nbsp;23641.318206 &nbsp; &nbsp; 0.2<br> Update &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1308.006540 &nbsp; &nbsp;40548.202740 &nbsp; &nbsp; 0.3<br> Stop-CM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1308.000000 &nbsp; &nbsp;13080.000000 &nbsp; &nbsp; 0.1
<br> P-Coupling &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1308.006540 &nbsp; &nbsp; 7848.039240 &nbsp; &nbsp; 0.1<br> Calc-Ekin &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1308.013080 &nbsp; &nbsp;35316.353160 &nbsp; &nbsp; 0.3<br> Constraint-V &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1308.006540 &nbsp; &nbsp; 7848.039240 &nbsp; &nbsp; 0.1<br> Constraint-Vir &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 
1308.019620 &nbsp; &nbsp;31392.470880 &nbsp; &nbsp; 0.3<br> Settle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;436.006540 &nbsp; 140830.112420 &nbsp; &nbsp; 1.1<br>-----------------------------------------------------------------------<br> Total &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
12322777.937807 &nbsp; 100.0<br>-----------------------------------------------------------------------<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>