i see. i reran the trajectory with reaction field electrostatics and that gave a more negative energy value which was closer to what i was expecting. <br><br>i guess the missing reciprocal space contributions explains this discrepancy.
<br><br>is there a way to get the full interaction energy with PME ? <br><br>thnx for the reply<br>-sandeep <br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Nov 17, 2007 8:18 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">
mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">&gt; Hi All<br>&gt;<br>&gt; I simulated a cubic box of 2180 TIP3P water molecules using gmx 
3.3 and PME<br>&gt; for 400 ps and extracted the interaction energy of a randomly picked<br>water<br>&gt; molecule with rest of the system.<br>&gt; Simulation was done at 298K and 1bar and usual procedure for generating<br>
a<br>&gt; water box and equilibration were used.<br>&gt;<br>&gt; Average interaction energy reported in the log file was<br>&gt; Epot (kJ/mol) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Coul-SR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LJ-SR<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WAT-rest &nbsp; -8.13828e+01 &nbsp; &nbsp;1.21886e+01
<br>&gt;<br>&gt; giving a total of &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-8.13828e+01 &nbsp;+ 1.21886e+01 = -69.194 kJ/mol<br>&gt;<br>&gt; Comparing with published numbers using other MD programs this should be<br>in<br>&gt; the range of -81 +/- 1 kJ/mol 
i.e. ~11 kJ/mol less.<br>&gt;<br>&gt; any clues on origin of this discrepancy ? &nbsp;relevant .top , .mdp files<br>are<br>&gt; below.<br><br></div>The PME algorithm does an approximation to the full periodic Coulomb<br>summation, but does so with a calculation in direct space, as above, and
<br>another in reciprocal space, where your energy groups are not meaningful.<br>So you&#39;re only getting the direct-space component of the interaction<br>energy.<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>