<P>
Dear David,<BR>
<BR>
<BR>
I didn't get the desired box length when I tried to use editconf command ( I took the tip5p box from gromacs/tutor directory) . Then, I tried editconf command to generate .gro file using myown water box. It worked!! <BR>
<BR>
<BR>
Still, there is a problem. How can I create .ndx file?- I tried&nbsp; <BR>
make_ndx -n tip5p_W.pdb, but it resulted in a message: input/output error.<BR>
<BR>
Could you suggest an alternative way for builing up ndx files?<BR>
<BR>
regards<BR>
Jestin<BR>
<BR>

</P>
<br><br>