Hi Peggy,<br><br>To understand the differencxes between the runs, you&#39;ll have to read and compare the .mdp files well. I&#39;d suggest to start with the Gromacs manual, chapter 7. For one, position restraint MD depends on the presence of [ position_restraints ] in the topology and has nothing to do with the length of the run. Please do some more background reading on MD. Often, inclusion of the [ position_restraints ] is controlled in the .mdp file by adding a define statement (-DPOSRES).
<br><br>Why Bonvin uses so many steps of energy minimization and position restraint MD is unclear to me. For a normal MD simulation it&#39;s not necessary. A fairly common scheme used is:<br><br>1. EM in vacuum<br>2. EM in solvent
<br>3. PR MD<br>4. NVT MD equilibration<br>5. NPT MD equilibration<br>6. Production run<br><br>You could have a look at the following tutorial rather than Bonvins: <a href="http://www.nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/MDCourse/">http://www.nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/MDCourse/
</a><br><br>Hope it helps,<br><br>Tsjerk<br><br><br><div class="gmail_quote">On Nov 20, 2007 6:29 AM, Peggy Yao &lt;<a href="mailto:peggy.yao@gmail.com">peggy.yao@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>I am new to Gromacs. I am following this tutorial:<br><a href="http://www.nmr.chem.uu.nl/%7Eabonvin/tutorials/MD-Data/index.html" target="_blank">http://www.nmr.chem.uu.nl/~abonvin/tutorials/MD-Data/index.html</a>
. My<br>question is: why it has multiple steps of energy minimization and<br>position restrained simulation? Is that a common practice? What&#39;s the<br>key difference among these steps?<br><br>Thanks!<br><br>Peggy<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>
P: +31-30-2539931 &nbsp; &nbsp;<br>F: +31-30-2537623