<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        text-align:justify;
        text-justify:inter-ideograph;
        font-size:10.5pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
 /* Page Definitions */
 @page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=ZH-CN link=blue vlink=purple style='text-justify-trim:punctuation'>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Hi all,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>Recently I want to embed a force field (<i>
Chem. Mater.,</i> <b>17</b> (23), 5658 -5669, 2005) in gmx. In the paper, It is
said that the force field parameters are consistent with GROMACS. The energy
expression has a form as follows:<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US>&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;E=
E(bond) + E(angle) + E(coulomb) + E(vdW)<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:10.5pt'><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:10.5pt'><span lang=EN-US>Note that there
is no torsion term, I write an itp file manually and use &#8220;nrexcel&nbsp;&nbsp;
2&#8221; in my molecule. I am not sure about how to deal with the 1-4
interactions, because when I include with the opls force field, gmx still generates
1-4 interactions. Is it necessary for having 1-4 interactions here? If
necessary, how to make that force field consistent with opls ff ?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:10.5pt'><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:10.5pt'><span lang=EN-US>Thanks in
advance!<o:p></o:p></span></p>

</div>

</body>

</html>