
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2180" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear All,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I have two basic questions regarding membrane 

protein simulation. First regarding Semiisotropic pressure coupling (NPAT) and 

second regarding comm_grpp (VCM).</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>1) If I want to use NPAT ensemble (x/y dimensions 

of bilayer to be fixed) then is following the correct way to 

define?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

Berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

semiisotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0 

<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>2) I want to remove center of mass translation so 

in following which one is better?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; a)&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Linear<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Protein_POP ; (both protein and lipid are together)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; b)&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Linear<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Protein POP ; (protein and lipid separately)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;</DIV>

<DIV><BR></DIV></FONT>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks a lot</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Best Regards,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Alok</FONT></DIV></BODY></HTML>