<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">I am sorry, my previous mail bounced back, as it was over 50 KB. <br><br>I changed the ffG43a1 to include the GTP and GDP which I got from a previous post here. {<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html</a>}<br><br>I&nbsp; changed some structure like giving comment with ; as the origicanal # was giving error. but now it tells me there is an error that 05* is not found in the atom type database.<br>
<br><br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1<br>Source code file: resall.c, line: 148<br><br>Fatal error:<br>Atom type O5* (residue GTP) not found in atomtype database<br>-------------------------------------------------------<br><br><br><br>I am including the file here .the GTP residue is at the bottom of the file.<br><br>&nbsp;
             <a href="https://netfiles.uiuc.edu/tezaz2/shared/ffG43a1.rtp" target="_NEW">https://netfiles.uiuc.edu/tezaz2/shared/ffG43a1.rtp</a><br><br>Is there any other GTP and GDP residue for the force field 43a1?<br><br>Thanks in advance.<br><br>Tawhid<br><br><br><br><br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">----- Original Message ----<br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Sent: Monday, November 26, 2007 9:14:37 PM<br>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx error<br><br>Quoting Tawhid Ezaz &lt;<a ymailto="mailto:ezaztaw@yahoo.com" href="mailto:ezaztaw@yahoo.com">ezaztaw@yahoo.com</a>&gt;:<br><br>&gt; Thanks a lot Justin. It worked really nice.<br>&gt;<br>&gt; now I am stuck with another problem. I need to add the Building block
 GTP and<br>&gt; GDP in 43a1, as I need to get the topology of a tubulin monomer.&nbsp; I
 got the<br>&gt; file from a old post here.<br>&gt;<br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html</a><br>&gt;<br>&gt; I copied and pasted it into my file, yet, as the structure doesn't
 match it<br>&gt; gave several errors.<br>&gt;<br>&gt; is there any way to&nbsp; fix this?<br><br>That depends entirely upon what your errors are and what you're trying
 to do. <br>Please provide more details.<br><br>-Justin<br><br>&gt;<br>&gt; Thanks a lot for your help.<br>&gt;<br>&gt; Tawhid<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ----- Original Message ----<br>&gt; From: Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; Sent: Monday, November 26, 2007 7:14:43 PM<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx error<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Quoting Tawhid Ezaz &lt;<a ymailto="mailto:ezaztaw@yahoo.com" href="mailto:ezaztaw@yahoo.com">ezaztaw@yahoo.com</a>&gt;:<br>&gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I have just started to learn gromacs. I am facing a problem to make<br>&gt;&nbsp; topology<br>&gt; &gt; file of a myoglobin. I got the pdb file from the csc tutorial.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; When i am
 running the pdb2gmx with<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; pdb2gmx -f conf.pdb -p topol.top<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; i get the message, HEME148 CAB1428&nbsp;  0.569<br>&gt; &gt;&nbsp; HEME148 CAC1437&nbsp;  0.562&nbsp;  0.820<br>&gt; &gt; N-terminus: NH3+<br>&gt; &gt; C-terminus: COO-<br>&gt; &gt; Now there are 148 residues with 1451 atoms<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1<br>&gt; &gt; Source code file: pdb2top.c, line: 570<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Fatal error:<br>&gt; &gt; atom N not found in residue 1ACE while combining tdb and rtp<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I was using 43a1 force field (0), {but none of them works}.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; i read some previous post and got the idea that there should be a N<br>&gt;&nbsp; atom with<br>&gt; &gt; should be linked with ACE, but my conf.pdb files does not have any.
 I<br>&gt;&nbsp; have<br>&gt; &gt; topol.top file from the tutorial but didn't show how I can generate<br>&gt;&nbsp; that.<br>&gt;<br>&gt; Use the -ter option with pdb2gmx, and select 'none' when prompted.<br>&gt;&nbsp;  That way,<br>&gt; pdb2gmx does not look for an N-terminal nitrogen (which is obviously<br>&gt;&nbsp; absent in<br>&gt; an acetyl group).<br>&gt;<br>&gt; -Justin<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am a totally newbie, thus I am wondering what should I do. Which<br>&gt;&nbsp; file I<br>&gt; &gt; should correct to get rid of those? Do I need to know the bonding
 of<br>&gt;&nbsp; every<br>&gt; &gt; atom in the molecule for that?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks in advance<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Tawhid<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ========================================<br>&gt;<br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; <a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>&gt;<br>&gt; ========================================<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp; posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br><br><br><br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br><a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> |
 (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br><br>========================================<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div><br></div></div></body></html>