Hi Tawhid,<br><br>The file you got was in the format used by the _program_ GROMOS. But this format is not supported by pdb2gmx/Gromacs. The GROMOS _forcefield_ is a set of equations and parameters, which stands apart from the formatting of the building blocks. You could&#39;ve at least taken a bit of effort to look at the other building block definitions, and you would&#39;ve seen the differences. Also, the fact that you got complaints about &quot;#&quot; should have been indicative to you that you were doing something wrong. In regards the building blocks (the .rtp file), read Chapter 5 (notably 
5.5). This should help you to convert the GROMOS format building block to a Gromacs format one.<br><br>Tsjerk<br><br><div class="gmail_quote">On Nov 28, 2007 1:34 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">
jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">Quoting Tawhid Ezaz &lt;<a href="mailto:ezaztaw@yahoo.com">
ezaztaw@yahoo.com</a>&gt;:<br><br></div><div class="Ih2E3d">&gt; I am sorry, my previous mail bounced back, as it was over 50 KB.<br>&gt;<br>&gt; I changed the ffG43a1 to include the GTP and GDP which I got from a previous
<br>&gt; post here. {<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html</a>}<br>&gt;<br>&gt; I &nbsp;changed some structure like giving comment with ; as the origicanal # was
<br>&gt; giving error. but now it tells me there is an error that 05* is not found in<br>&gt; the atom type database.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1<br>&gt; Source code file: resall.c, line: 148
<br>&gt;<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Atom type O5* (residue GTP) not found in atomtype database<br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I am including the file here .the GTP residue is at the bottom of the file.
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="https://netfiles.uiuc.edu/tezaz2/shared/ffG43a1.rtp" target="_blank">https://netfiles.uiuc.edu/tezaz2/shared/ffG43a1.rtp</a><br>&gt;<br>&gt; Is there any other GTP and GDP residue for the force field 43a1?
<br><br></div>Have a look at the other entries in the .rtp file, and notice how the formatting<br>of the GTP molecule you entered looks nothing like the others. &nbsp;Use the format<br>of other residues to guide you (paying special attention to similar molecules,
<br>like ATP, which is already a part of ffG43a1). &nbsp;The information in the file you<br>found appears to be in a different format, although you may still be able to<br>extract information from it.<br><br>Alternatively, you could use the PRODRG beta server to generate a
<br>suitably-formatted topology (which you can include as an .itp file in your<br>system topology). &nbsp;However, this topology will require editting, as some of the<br>parameters (most notably charges) will likely be unsatisfactory.
<br><font color="#888888"><br>-Justin<br></font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>&gt;<br>&gt; Thanks in advance.<br>&gt;<br>&gt; Tawhid<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ----- Original Message ----<br>
&gt; From: Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; Sent: Monday, November 26, 2007 9:14:37 PM
<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx error<br>&gt;<br>&gt; Quoting Tawhid Ezaz &lt;<a href="mailto:ezaztaw@yahoo.com">ezaztaw@yahoo.com</a>&gt;:<br>&gt;<br>&gt; &gt; Thanks a lot Justin. It worked really nice.<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; now I am stuck with another problem. I need to add the Building block<br>&gt; &nbsp;GTP and<br>&gt; &gt; GDP in 43a1, as I need to get the topology of a tubulin monomer. &nbsp;I<br>&gt; &nbsp;got the<br>&gt; &gt; file from a old post here.
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-May/015188.html</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I copied and pasted it into my file, yet, as the structure doesn&#39;t
<br>&gt; &nbsp;match it<br>&gt; &gt; gave several errors.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; is there any way to &nbsp;fix this?<br>&gt;<br>&gt; That depends entirely upon what your errors are and what you&#39;re trying<br>&gt; &nbsp;to do.<br>&gt; Please provide more details.
<br>&gt;<br>&gt; -Justin<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks a lot for your help.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Tawhid<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ----- Original Message ----<br>&gt; &gt; From: Justin A. Lemkul &lt;
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; &gt; Sent: Monday, November 26, 2007 7:14:43 PM
<br>&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx error<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Quoting Tawhid Ezaz &lt;<a href="mailto:ezaztaw@yahoo.com">ezaztaw@yahoo.com</a>&gt;:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt; I have just started to learn gromacs. I am facing a problem to make<br>&gt; &gt; &nbsp;topology<br>&gt; &gt; &gt; file of a myoglobin. I got the pdb file from the csc tutorial.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; When i am running the pdb2gmx with
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; pdb2gmx -f conf.pdb -p topol.top<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; i get the message, HEME148 CAB1428 &nbsp; 0.569<br>&gt; &gt; &gt; &nbsp;HEME148 CAC1437 &nbsp; 0.562 &nbsp; 0.820<br>&gt; &gt; &gt; N-terminus: NH3+
<br>&gt; &gt; &gt; C-terminus: COO-<br>&gt; &gt; &gt; Now there are 148 residues with 1451 atoms<br>&gt; &gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; Program pdb2gmx, VERSION 3.3.1<br>
&gt; &gt; &gt; Source code file: pdb2top.c, line: 570<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Fatal error:<br>&gt; &gt; &gt; atom N not found in residue 1ACE while combining tdb and rtp<br>&gt; &gt; &gt; -------------------------------------------------------
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I was using 43a1 force field (0), {but none of them works}.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; i read some previous post and got the idea that there should be a N<br>&gt; &gt; &nbsp;atom with
<br>&gt; &gt; &gt; should be linked with ACE, but my conf.pdb files does not have any.<br>&gt; &nbsp;I<br>&gt; &gt; &nbsp;have<br>&gt; &gt; &gt; topol.top file from the tutorial but didn&#39;t show how I can generate<br>&gt; &gt; &nbsp;that.
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Use the -ter option with pdb2gmx, and select &#39;none&#39; when prompted.<br>&gt; &gt; &nbsp; That way,<br>&gt; &gt; pdb2gmx does not look for an N-terminal nitrogen (which is obviously<br>&gt; &gt; &nbsp;absent in
<br>&gt; &gt; an acetyl group).<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -Justin<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I am a totally newbie, thus I am wondering what should I do. Which<br>&gt; &gt; &nbsp;file I<br>&gt; &gt; &gt; should correct to get rid of those? Do I need to know the bonding
<br>&gt; &nbsp;of<br>&gt; &gt; &nbsp;every<br>&gt; &gt; &gt; atom in the molecule for that?<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Thanks in advance<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Tawhid<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ========================================<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; &gt; Department of Biochemistry
<br>&gt; &gt; Virginia Tech<br>&gt; &gt; Blacksburg, VA<br>&gt; &gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>&gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ========================================<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt; &gt; &nbsp;posting!<br>&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ========================================<br>&gt;<br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; Department of Biochemistry
<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/
</a><br>&gt;<br>&gt; ========================================<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; 
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt; &nbsp;posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br><br><br><br>========================================
<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br><a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br><br>========================================<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, 
Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931 &nbsp; &nbsp;<br>F: +31-30-2537623