<P>
Dear Gromacs users<BR>
<BR>
When I run Energy minimisation using the command, <BR>
<BR>
grompp -f em.mdp -p topol.top -c out.gro -o pr.tpr, I received the following error message.<BR>
<BR>
**********************************************************<BR>
<BR>
 processing coordinates...<BR>
double-checking input for internal consistency...<BR>
ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.<BR>
 <BR>
-------------------------------------------------------<BR>
Program grompp, VERSION 3.3.2<BR>
Source code file: grompp.c, line: 1111<BR>
 <BR>
Fatal error:<BR>
There were 1 error(s) processing your input<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
*******************************************************************<BR>
<BR>
MY BOX DIMENSION IS 20.1 * 20.1 * 20.1<BR>
<BR>
I CHANGED THE RLIST, FOR A LOWER VALUE: STILL THE MESSAGE IS SAME.<BR>
<BR>
Note: I copied the .mdp file form the gromacs users list ( DECMEBER 2001)<BR>
<BR>
regards,<BR>
Jestin Mandumpal<BR>
<BR>
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<BR>
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</P>
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<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1961853_1954773/1961358/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1961853_1954773/creative_1961358.gif  alt='Shaadi'  border=0></a></td></TR></Table>