<div>If I understood your graph correctly, the &quot;valleys&quot; represent the contribution&nbsp; from the headgroups and the central &quot;peak&quot;&nbsp;lies&nbsp;in the middle of the bilayer.&nbsp;&nbsp;<br>It can be seen that the two monolayers are not equivalent which is probably due to lack of equilibration.
</div>
<div>You can convince yourself by measuring the density of the system along the axis normal to the bilayer&nbsp;(use g_density -h).</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Regards.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Pedro.</div>
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<div><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">2007/12/3, himanshu khandelia &lt;<a href="mailto:hkhandelia@gmail.com">hkhandelia@gmail.com</a>&gt;:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi,<br><br>I calculated the electrostatic potential using g_potential across a<br>large 416-lipid POPC bilayer from a 200 ps trajectory. The bilayer is
<br>well-hydrated, and has zero charge.<br><br>However, I get a very odd potential which starts off at 0.0 and ends<br>at 0.6 V, but is not monotonically increasing all the time. I can<br>attach a small 8 kb jpg if the admins allow it. Otherwise you might
<br>get an idea of the shape from the diagram below if it turns up right.<br>The bilayer is between the points 2 and 2. Any tips why this might<br>happen ?<br><br>Thank you very much !<br><br>-Himanshu<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1
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