<P>
Dear Justin,<BR>
<BR>
Thanks for the response.<BR>
<BR>
<BR>
This is my input file (em.mdp) which contains parameters for doing energy minimisation. <BR>
<BR>
 cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /lib/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = -DPOSRES -DFLEX_<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; =&nbsp; none<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
integrator&nbsp; &nbsp;  = steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 2000<BR>
; Energy minimizing<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.00001<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
MY BOX DIMENSION, 20.1* 20.1* 20.1 ANGSTROM.<BR>
<BR>
<BR>
THIS IS THE THREAD WHERE I COLLECTED THE .mdp FILE FOR ENERGY MINIMISATION.<BR>
<BR>
http://www.gromacs.org/component/option,com_wrapper/Itemid,84/<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
regards<BR>
Jestin 
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1961853_1954773/1961358/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1961853_1954773/creative_1961358.gif  alt='Shaadi'  border=0></a></td></TR></Table>