<P>
Dear Justin,<BR>
<BR>
It seems, the given link which was directed to a post where I got contents of ENERGY MINIMISATION FILE &quot;.mdp&quot; in my previous mail is not the right one, so I paste its content here.<BR>
<BR>
<BR>
*******************************************************************<BR>
Geraudis Mustelier gera at ict.cim.sld.cu<BR>
Wed Dec 12 20:00:03 CET 2001<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; * Previous message: [gmx-users] Merging several topology files<BR>
&nbsp; &nbsp; * Next message: [gmx-users] problem with energy minimization<BR>
&nbsp; &nbsp; * Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]<BR>
<BR>
Hi<BR>
<BR>
I would like to refine a model obtained with modeling by homology technique<BR>
from X-ray structures. So, I am treating to do an energy minimization. The<BR>
parameter values in .mdp file are:<BR>
;<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; /lib/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -DPOSRES<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; none<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 2000<BR>
;<BR>
; Energy minimizing stuff<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.00001<BR>
;<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
<BR>
&nbsp; <BR>
***********************************************<BR>
<BR>
<BR>
regards<BR>
Jestin Mandumpal<BR>
<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1960866_1953803/1960349/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1960866_1953803/creative_1960349.gif  alt='Reliance Mobile'  border=0></a></td></TR></Table>