<P>
 Dear Gromacs users,<BR>
<BR>
Thanks for the messages.<BR>
<BR>
Tsjerk,<BR>
<BR>
I was not aware that capital letters denote unpolite. I just used them to highlight the problem so others can easily pick out. Thanks for the suggestions as well.<BR>
<BR>
I modified the file:<BR>
*******************************************************************<BR>
<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /lib/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = -DPOSRES -DFLEX_SPC<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; =&nbsp; none<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
integrator&nbsp; &nbsp;  = steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 2000<BR>
; Energy minimizing<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.00001<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.8<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; = pme<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.8<BR>
vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.8<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
*************************************************<BR>
<BR>
<BR>
But the message is the same.<BR>
<BR>
<BR>
As Dallas and others mentioned, I attach the last part of myt .gro file<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
*****************************************************************<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
 245SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1225&nbsp;  0.977&nbsp; -0.910&nbsp;  0.116<BR>
&nbsp; 246SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1226&nbsp;  0.927&nbsp; -0.946&nbsp;  0.484<BR>
&nbsp; 246SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1227&nbsp;  0.985&nbsp; -0.880&nbsp;  0.447<BR>
&nbsp; 246SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1228&nbsp;  0.852&nbsp; -0.950&nbsp;  0.425<BR>
&nbsp; 246SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1229&nbsp;  0.907&nbsp; -0.928&nbsp;  0.549<BR>
&nbsp; 246SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1230&nbsp;  0.960&nbsp; -1.008&nbsp;  0.487<BR>
&nbsp; 247SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1231&nbsp;  0.970&nbsp; -0.641&nbsp; -0.228<BR>
&nbsp; 247SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1232&nbsp;  1.010&nbsp; -0.704&nbsp; -0.169<BR>
&nbsp; 247SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1233&nbsp;  1.006&nbsp; -0.556&nbsp; -0.201<BR>
&nbsp; 247SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1234&nbsp;  0.900&nbsp; -0.642&nbsp; -0.221<BR>
&nbsp; 247SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1235&nbsp;  0.986&nbsp; -0.655&nbsp; -0.295<BR>
&nbsp; 248SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1236&nbsp;  0.953&nbsp; -0.556&nbsp;  0.247<BR>
&nbsp; 248SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1237&nbsp;  1.010&nbsp; -0.481&nbsp;  0.233<BR>
&nbsp; 248SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1238&nbsp;  1.010&nbsp; -0.624&nbsp;  0.284<BR>
&nbsp; 248SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1239&nbsp;  0.925&nbsp; -0.578&nbsp;  0.186<BR>
&nbsp; 248SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1240&nbsp;  0.901&nbsp; -0.540&nbsp;  0.292<BR>
&nbsp; 249SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1241&nbsp;  0.974&nbsp; -0.356&nbsp; -0.452<BR>
&nbsp; 249SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1242&nbsp;  1.010&nbsp; -0.438&nbsp; -0.485<BR>
&nbsp; 249SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1243&nbsp;  1.010&nbsp; -0.347&nbsp; -0.364<BR>
&nbsp; 249SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1244&nbsp;  0.904&nbsp; -0.359&nbsp; -0.450<BR>
&nbsp; 249SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1245&nbsp;  0.993&nbsp; -0.302&nbsp; -0.493<BR>
&nbsp; 250SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1246&nbsp;  0.981&nbsp; -0.228&nbsp;  0.866<BR>
&nbsp; 250SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1247&nbsp;  1.010&nbsp; -0.229&nbsp;  0.957<BR>
&nbsp; 250SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1248&nbsp;  1.010&nbsp; -0.312&nbsp;  0.831<BR>
&nbsp; 250SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1249&nbsp;  1.010&nbsp; -0.175&nbsp;  0.831<BR>
&nbsp; 250SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1250&nbsp;  0.911&nbsp; -0.223&nbsp;  0.863<BR>
&nbsp; 251SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1251&nbsp;  0.979&nbsp; -0.053&nbsp; -0.717<BR>
&nbsp; 251SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1252&nbsp;  0.884&nbsp; -0.039&nbsp; -0.721<BR>
&nbsp; 251SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1253&nbsp;  1.006&nbsp; -0.053&nbsp; -0.809<BR>
&nbsp; 251SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1254&nbsp;  0.994&nbsp; -0.114&nbsp; -0.686<BR>
&nbsp; 251SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1255&nbsp;  1.010&nbsp; -0.001&nbsp; -0.682<BR>
&nbsp; 252SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1256&nbsp;  0.981&nbsp;  0.286&nbsp; -0.345<BR>
&nbsp; 252SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1257&nbsp;  1.010&nbsp;  0.289&nbsp; -0.254<BR>
&nbsp; 252SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1258&nbsp;  1.010&nbsp;  0.369&nbsp; -0.383<BR>
&nbsp; 252SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1259&nbsp;  0.911&nbsp;  0.281&nbsp; -0.349<BR>
&nbsp; 252SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1260&nbsp;  1.010&nbsp;  0.232&nbsp; -0.379<BR>
&nbsp; 253SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1261&nbsp;  0.968&nbsp;  0.619&nbsp; -0.698<BR>
&nbsp; 253SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1262&nbsp;  0.886&nbsp;  0.667&nbsp; -0.704<BR>
&nbsp; 253SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1263&nbsp;  0.942&nbsp;  0.531&nbsp; -0.672<BR>
&nbsp; 253SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1264&nbsp;  1.010&nbsp;  0.648&nbsp; -0.649<BR>
&nbsp; 253SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1265&nbsp;  1.002&nbsp;  0.618&nbsp; -0.759<BR>
&nbsp; 254SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1266&nbsp;  0.981&nbsp;  0.543&nbsp; -0.103<BR>
&nbsp; 254SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1267&nbsp;  1.010&nbsp;  0.467&nbsp; -0.054<BR>
&nbsp; 254SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1268&nbsp;  1.010&nbsp;  0.618&nbsp; -0.051<BR>
&nbsp; 254SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1269&nbsp;  0.911&nbsp;  0.544&nbsp; -0.110<BR>
&nbsp; 254SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1270&nbsp;  1.010&nbsp;  0.545&nbsp; -0.167<BR>
&nbsp; 255SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1271&nbsp;  0.985&nbsp;  0.378&nbsp;  0.613<BR>
&nbsp; 255SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1272&nbsp;  1.010&nbsp;  0.327&nbsp;  0.690<BR>
&nbsp; 255SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1273&nbsp;  0.890&nbsp;  0.377&nbsp;  0.613<BR>
&nbsp; 255SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1274&nbsp;  1.010&nbsp;  0.348&nbsp;  0.555<BR>
&nbsp; 255SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1275&nbsp;  1.010&nbsp;  0.443&nbsp;  0.617<BR>
&nbsp; 256SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1276&nbsp;  0.981&nbsp;  0.516&nbsp;  0.287<BR>
&nbsp; 256SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1277&nbsp;  1.010&nbsp;  0.572&nbsp;  0.215<BR>
&nbsp; 256SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1278&nbsp;  1.010&nbsp;  0.562&nbsp;  0.366<BR>
&nbsp; 256SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1279&nbsp;  1.010&nbsp;  0.453&nbsp;  0.283<BR>
&nbsp; 256SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1280&nbsp;  0.911&nbsp;  0.510&nbsp;  0.287<BR>
&nbsp; 257SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1281&nbsp;  0.847&nbsp;  0.408&nbsp;  0.942<BR>
&nbsp; 257SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1282&nbsp;  0.841&nbsp;  0.466&nbsp;  0.866<BR>
&nbsp; 257SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1283&nbsp;  0.941&nbsp;  0.407&nbsp;  0.964<BR>
&nbsp; 257SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1284&nbsp;  0.825&nbsp;  0.344&nbsp;  0.926<BR>
&nbsp; 257SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1285&nbsp;  0.810&nbsp;  0.433&nbsp;  0.996<BR>
&nbsp; 258SOL&nbsp; &nbsp;  OW 1286&nbsp;  0.983&nbsp;  0.951&nbsp;  0.741<BR>
&nbsp; 258SOL&nbsp; &nbsp; HW1 1287&nbsp;  0.888&nbsp;  0.947&nbsp;  0.746<BR>
&nbsp; 258SOL&nbsp; &nbsp; HW2 1288&nbsp;  1.001&nbsp;  1.010&nbsp;  0.668<BR>
&nbsp; 258SOL&nbsp; &nbsp; LP1 1289&nbsp;  1.010&nbsp;  0.888&nbsp;  0.728<BR>
&nbsp; 258SOL&nbsp; &nbsp; LP2 1290&nbsp;  1.010&nbsp;  0.976&nbsp;  0.800<BR>
&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000&nbsp;  0.00000<BR>
&quot;out.gro&quot; 1293L, 58138C&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
<BR>
********************************************<BR>
<BR>
<BR>
the system is tip5p water molecule.<BR>
<BR>
<BR>
regards,<BR>
Jestin Mandumpal
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1963542_1956431/1963047/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1963542_1956431/creative_1963047.gif  alt='Jeevansathi'  border=0></a></td></TR></Table>