Respected all,<br>I am currently involved in a project which aims to simulate pressure
driven nanochannel fluid flow through a wall made of hydrophobic and
hydrophilic patches using GROMACS . I have been able to successfully
run the simulation and have been able to obtain most of the plots
necessary to validate my simulation . However I have been not able to
obtain the velocity profile of fluid along the channel axis . I cannot
figure out which command to use to obtain the profile. I would be very grateful if you help me out on this matter .
My doubt is that whether you require some programming outside
standard GROMACS capabilities or you only use the postprocessing
commands of GROMACS . <br><br><br>Avinash Kumar<br>