<P>
&nbsp; <BR>
Dear Justin,<BR>
<BR>
I made some changes in my .mdp file, but the result is same.<BR>
<BR>
My box size, as mentioned in the previous mail, is 20.1 A. The cut off I used is 8 angstrom.<BR>
<BR>
I attach the input file here. <BR>
**************************************<BR>
<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /lib/cpp<BR>
define&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = -DPOSRES-DFLEX_SPC<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; =&nbsp; none<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; no<BR>
integrator&nbsp; &nbsp;  = steep<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 2000<BR>
; Energy minimizing<BR>
emtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<BR>
emstep&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.00001<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.8<BR>
coulumbtype&nbsp; &nbsp; = pme<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.8<BR>
vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.8<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = no<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
*************************************************<BR>
<BR>
And the output message is :<BR>
<BR>
---------------------------------------------------------------------------<BR>
creating statusfile for 1 node...<BR>
 <BR>
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.5#<BR>
checking input for internal consistency...<BR>
calling /lib/cpp...<BR>
processing topology...<BR>
Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations<BR>
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<BR>
Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations<BR>
Excluding 2 bonded neighbours for SOL 258<BR>
NOTE:<BR>
&nbsp; System has non-zero total charge: -2.580000e-01<BR>
 <BR>
processing coordinates...<BR>
double-checking input for internal consistency...<BR>
ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist. <BR>
-------------------------------------------------------<BR>
Program grompp, VERSION 3.3.2<BR>
Source code file: grompp.c, line: 1111<BR>
 <BR>
Fatal error:<BR>
There were 1 error(s) processing your input<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
 <BR>
&quot;Stop Drinking My Beer !&quot; (The Amps)<BR>
 ----------------------------------------------------------------------<BR>
<BR>
<BR>
HOW CAN I SETTLE THIS ISSUE?<BR>
<BR>
<BR>
REGARDS<BR>
JESTIN<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1963542_1956431/1963047/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1963542_1956431/creative_1963047.gif  alt='Jeevansathi'  border=0></a></td></TR></Table>