<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=x-user-defined" ><STYLE TYPE="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></STYLE><br ><font size="2" face="Arial">
<TABLE STYLE="border-color: blue; border-left: 1px solid blue; padding-left: 5px;">
    <tbody>
        <TR>
            <TD>Dear Dr. Justin A. Lemkul<br ><br ><font size="4">Thank you for your reply. I tried adding the line 'SOL  522 ' at the end of the .top file <br >but  genbox is deleting the line. <br >------------------------------------------------------------<br ></font><span class="sender"></span><font size="2" face="Arial"><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Output configuration contains 1076 atoms in 341 residues</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Volume                 :     24.1334 (nm^3)</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Density                :     720.413 (g/l)</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Number of SOL molecules:      0</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Processing topology</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Removing line #480 'SOL                 522' from topology file (agg2.top)<br >-------------------------------------------------------------------------------------------<br ></SPAN></font><font size="4" face="Arial">Thankyou Dr. <SPAN CLASS="sender">Xavier Periole for indicating that the bonds and angle information does not match with the original Gromos distributed file.&nbsp; I am inserting methanol.itp file&nbsp; which came with gromacs distribution.&nbsp; I downloaded the methanol216.gro.gz from gromacs site.&nbsp; Should I change&nbsp; the bond values in the itp file? But it still does not solve the problem of 'SOL molecules'. Since .top file indicates </SPAN></font><font size="2" face="Arial"><font size="4">&quot;#include &quot;spc.itp&quot;. So if I change it to #methanol.itp&quot; &nbsp; it should work.<br ></font><br ></font>-----------------------------------------------<br ><SPAN CLASS="sender">[<SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">root@ccmb top]# more methanol.itp</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">#ifndef _FF_GROMOS96</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">[ atomtypes ]</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; OMET&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.999&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6169e-3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.5231e-6</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.999&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6170e-3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6330e-6</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; CMET&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.8758e-3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.8426e-6</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">#endif</SPAN><br ><br ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">[ moleculetype ]</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">; name&nbsp; nrexcl</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">Methanol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">[ atoms ]</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;&nbsp; residu&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp; mass</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">#ifdef _FF_GROMOS96</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CMET&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.176 15.035</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OMET&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.574 15.999</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.398&nbsp; 1.008</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">#else</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CMET&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 </SPAN></SPAN><font size="2" face="Arial"><SPAN CLASS="sender"><SPAN STYLE="font-weight: bold;">Regards <br > sharada</SPAN></SPAN></font><SPAN CLASS="sender"><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.29&nbsp; 15.035</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OMET&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.69&nbsp; 15.999</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.40&nbsp;&nbsp; 1.008</SPAN><br style="font-weight: bold; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">#endif</SPAN><br ><br ><SPAN STYLE="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;">[ bonds ]</SPAN><br style="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;">;&nbsp; ai&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1</SPAN><br style="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;">1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 376560.</SPAN><br style="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;">2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313800.</SPAN><br style="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;" ><br style="font-weight: bold; text-decoration: underline; font-style: italic;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;">[ angles ]</SPAN><br >;<SPAN STYLE="font-weight: bold;">&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1</SPAN><br style="font-weight: bold;" ><SPAN STYLE="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.53&nbsp; 397.5<br ><br ><br ></SPAN>Regards <br >sharada <br >(CCMB)<SPAN STYLE="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;" ></SPAN>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br ></SPAN><br ><span style="font-weight: bold; font-style: italic;"></span><SPAN STYLE="font-weight: bold; font-style: italic;"><br ><strong><em>-- Original Message --</em></strong><br >From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br >To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br >Date: Mon, 10 Dec 2007 06:36:56 -0500<br >Subject: Re: [gmx-users] Methanol SOL :Number of solvent molecules = 0<br ><br >Quoting sharada &lt;sharada@ccmb.res.in&gt;:<br ><br >&gt;  526MeOH   Me1 1629   2.760   3.368   2.738<br >&gt;   526MeOH    O2 1630   2.695   3.423   2.632<br >&gt;   526MeOH    H3 1631   2.615   3.371   2.606<br >&gt;   527MeOH   Me1 1632   0.288   3.224   2.925<br >&gt;   527MeOH    O2 1633   0.194   3.156   2.996<br >&gt;   527MeOH    H3 1634   0.212   3.059   2.983<br >&gt;   528MeOH   Me1 1635   2.506   3.095   2.599<br >&gt;   528MeOH    O2 1636   2.457   3.218   2.567<br >&gt;   528MeOH    H3 1637   2.390   3.204   2.494<br >&gt;    3.30500   3.58500   2.95900<br >&gt; Why does it say there are no SOL molecules.  Where exactly am I going wrong ?<br >&gt; Kindly advice me. Thankyou for your patience.<br >&gt; sharada<br >&gt;<br ><br >My guess would be that it is because there are no molecules named SOL in your<br >output.  Gromacs uses SOL for water, and since your system lacks water, genbox<br >is accurately telling you there are no &quot;SOL&quot; within the output.<br ><br >Note the line above where genbox is telling you that it added 522 molecules, and<br >add this information into your .top file.<br ><br >-Justin<br ><br ><br >========================================<br ><br >Justin A. Lemkul<br >Graduate Research Assistant<br >Department of Biochemistry<br >Virginia Tech<br >Blacksburg, VA<br >jalemkul@vt.edu | (540) 231-9080<br >http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/<br ><br >========================================<br >_______________________________________________<br >gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br >http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br >Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br >Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br >www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br >Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br ></SPAN></TD>
        </TR>
    </tbody>
</TABLE>
</font></BODY></HTML>