<HTML dir=ltr><HEAD><TITLE>[gmx-users] Re: Density Deferences between spc216 and tip4p</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1543" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText67257 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>In TIP4P there is a fourth center (called M) close to the O atom. It reveals from the output</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>that gromacs considers four atoms with this model but only three with SPC. If (this is a question)</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>a mass is assigned to M in TIP4P, the density calculated by the PROGRAM must be larger than</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>upon manual calculation and assuming 18 g for the molar mass of water</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>Peter Nagy</FONT></DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of csreddy@ncbs.res.in<BR><B>Sent:</B> Thu 12/13/2007 5:04 AM<BR><B>To:</B> gmx-users@gromacs.org<BR><B>Subject:</B> [gmx-users] Re: Density Deferences between spc216 and tip4p<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>
<P><FONT size=2>Dear Jochen,<BR>Sorry to bother you. I did not calculate the densities it is the program<BR>output!. Is this a bug?.<BR><BR>Regards<BR>Chandu<BR>&gt; Message: 8<BR>&gt; Date: Thu, 13 Dec 2007 10:28:02 +0100<BR>&gt; From: Jochen Hub &lt;jhub@gwdg.de&gt;<BR>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Density Deferences between spc216 and tip4p<BR>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; water&nbsp;&nbsp; models<BR>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt; Message-ID: &lt;4760FB22.3030101@gwdg.de&gt;<BR>&gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<BR>&gt;<BR>&gt; csreddy@ncbs.res.in wrote:<BR>&gt;&gt; Dear All,<BR>&gt;&gt; I was trying&nbsp; create a&nbsp; box (cubic 10 10 10) of water. I am a bit<BR>&gt;&gt; surprised by looking at the density deferences between spc216 and tip4p<BR>&gt;&gt; water models. I am giving the brief output below.<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; genbox -cs tip4p.gro -box 10 10 10<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; Output configuration contains 131540 atoms in 32885 residues<BR>&gt;&gt; Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000 (nm^3)<BR>&gt;&gt; Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1639.65 (g/l)<BR>&gt;&gt; Number of SOL molecules:&nbsp; 32885<BR>&gt;&gt;<BR>&gt; Theres is something wrong in your calculation of the density. From 32885<BR>&gt; Molcules (18g/mol) in a volume (10nm)^3 I get a density of 982 g/l.<BR>&gt;<BR>&gt; Cheers, Jochen<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; genbox -cs spc2i6.gro -box 10 10 10<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; Output configuration contains 99678 atoms in 33226 residues<BR>&gt;&gt; Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000 (nm^3)<BR>&gt;&gt; Density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 993.966 (g/l)<BR>&gt;&gt; Number of SOL molecules:&nbsp; 33226<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; What would be the reason for this drastic differences in density? How<BR>&gt;&gt; can<BR>&gt;&gt; I make it into 1000 (g/l) by using above command.<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; Thanks in advance.<BR>&gt;&gt; Regards<BR>&gt;&gt; Chandu<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; _______________________________________________<BR>&gt;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;&gt; <A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt;&gt; Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> before<BR>&gt;&gt; posting!<BR>&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt;&gt; Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; .<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; --<BR>&gt; ************************************************<BR>&gt; Jochen Hub<BR>&gt; Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<BR>&gt; Computational biomolecular dynamics group<BR>&gt; Am Fassberg 11<BR>&gt; D-37077 Goettingen, Germany<BR>&gt; Email: jhub[at]gwdg.de<BR>&gt; ************************************************<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; ------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; <A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>&gt;<BR>&gt; End of gmx-users Digest, Vol 44, Issue 37<BR>&gt; *****************************************<BR>&gt;<BR><BR><BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR></FONT></P></DIV></BODY></HTML>