<P>
Dear Gromacs users,<BR>
<BR>
I built .tpr file prior to energy minimisation of box of tip5p water molecule. I received the output like this:<BR>
<BR>
calling /lib/cpp...<BR>
processing topology...<BR>
Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations<BR>
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<BR>
Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations<BR>
Excluding 2 bonded neighbours for SOL 258<BR>
NOTE:<BR>
&nbsp; System has non-zero total charge: -2.580000e-01<BR>
 <BR>
processing coordinates...<BR>
double-checking input for internal consistency...<BR>
Cleaning up constraints and constant bonded interactions with virtual sites<BR>
renumbering atomtypes...<BR>
converting bonded parameters...<BR>
#&nbsp; &nbsp;  SETTLE:&nbsp;  258<BR>
#&nbsp; VSITE3OUT:&nbsp;  516<BR>
Setting particle type to V for virtual sites<BR>
initialising group options...<BR>
processing index file...<BR>
Analysing residue names:<BR>
Opening library file /opt/gromacs/3.3.2-dp/share/gromacs/top/aminoacids.dat<BR>
There are:&nbsp;  258&nbsp; &nbsp; &nbsp; OTHER residues<BR>
There are:&nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; PROTEIN residues<BR>
There are:&nbsp; &nbsp;  0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DNA residues<BR>
Analysing Other...<BR>
Making dummy/rest group for T-Coupling containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for Acceleration containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for Freeze containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for VCM containing 1290 elements<BR>
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 1545.00<BR>
Making dummy/rest group for User1 containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for User2 containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for XTC containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 1290 elements<BR>
Making dummy/rest group for QMMM containing 1290 elements<BR>
T-Coupling&nbsp; &nbsp; &nbsp;  has 1 element(s): rest<BR>
Energy Mon.&nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<BR>
Acceleration&nbsp; &nbsp;  has 1 element(s): rest<BR>
Freeze&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  has 1 element(s): rest<BR>
User1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<BR>
User2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<BR>
VCM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<BR>
XTC&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has 1 element(s): rest<BR>
Or. Res. Fit&nbsp; &nbsp;  has 1 element(s): rest<BR>
QMMM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  has 1 element(s): rest<BR>
Checking consistency between energy and charge groups...<BR>
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z<BR>
Using a fourier grid of 175x175x175, spacing 0.115 0.115 0.115<BR>
writing run input file...<BR>
 <BR>
--------------------------------------------------<BR>
<BR>
It says, System has non-zero total charge: -2.580000e-01.<BR>
<BR>
What could be the problem. I tried to solve it, but I can't. what resulted the error?<BR>
I paste my top and itp files below.<BR>
<BR>
sincerly,<BR>
Jestin<BR>
<BR>
<BR>
---------------------------------------------<BR>
topol.top<BR>
<BR>
#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<BR>
#include &quot;tip5P.itp&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ system ]<BR>
Pure water<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ molecules ]<BR>
SOL 258<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
<BR>
 <BR>
tip5P.itp file<BR>
----------------------------------------------------------------------- <BR>
[ moleculetype ]<BR>
; molname&nbsp;  nrexcl<BR>
SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  2<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ atoms ]<BR>
; id&nbsp; &nbsp; at type res nr&nbsp; residu name&nbsp;  at name&nbsp; &nbsp; cg nr&nbsp;  charge<BR>
#ifdef _FF_OPLS<BR>
&nbsp;  1&nbsp; &nbsp;  opls_118&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; OW&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0<BR>
&nbsp;  2&nbsp; &nbsp;  opls_119&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; HW1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.24<BR>
&nbsp;  3&nbsp; &nbsp;  opls_119&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; HW2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.241<BR>
&nbsp;  4&nbsp; &nbsp;  opls_120&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; LP1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.241<BR>
&nbsp;  5&nbsp; &nbsp;  opls_120&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; LP2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.241<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ settles ]<BR>
; i&nbsp; &nbsp;  funct&nbsp;  doh&nbsp; &nbsp;  dhh<BR>
1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  0.09572 0.15139<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ dummies3 ]<BR>
; The position of the dummy is computed as follows:<BR>
;<BR>
; The distance from OW to OL is 0.07 nm, the geometry is tetrahedral<BR>
; (109.47 deg)<BR>
; Therefore, a =3D b =3D 0.07 * cos (109.47/2) / | xOH1 + xOH2 |<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c =3D 0.07 * sin (109.47/2) / | xOH1 X xOH2 |<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =20<BR>
;<BR>
; Using | xOH1 X xOH2 | =3D | xOH1 | | xOH2 | sin (H1-O-H2)<BR>
;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  | xOH1 + xOH2 | =3D 2 | xOH1 | cos (H1-O-H2)<BR>
; Dummy pos x4 =3D x1 + a*x21 + b*x31 + c*(x21 X x31)<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
; Dummy from&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; funct&nbsp;  a&nbsp; &nbsp; &nbsp;  b&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  c<BR>
4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -0.344908&nbsp; -0.344908&nbsp; -6.4437903493<BR>
5&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  -0.344908&nbsp; -0.344908&nbsp;  6.4437903493<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
[ exclusions ]<BR>
1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5<BR>
2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5<BR>
3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5<BR>
4&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  5<BR>
5&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1&nbsp; &nbsp; &nbsp;  2&nbsp; &nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp;  4<BR>
#endif<BR>
~<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/1969761_1962639/1969261/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null target=new '><img src =http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/1969761_1962639/creative_1969261.gif  alt='Singapore'  border=0></a></td></TR></Table>