<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<BR>i started with the lipid coordinates from peter tieleman and removed the water. then i added water by genbox.<BR>
I did energy minimization followed by position restrain, which I removed gradually. all of it was done under npt. I carried out npt for 250 ps.&nbsp;During&nbsp;the&nbsp;next 250 ps npt run the bilayers separated and deformed. <BR>&gt; Date: Sat, 15 Dec 2007 09:53:06 -0500<BR>&gt; From: jalemkul@vt.edu<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: RE: [gmx-users] problem with npt<BR>&gt; <BR>&gt; Quoting pragya chohan &lt;pragyachohan@hotmail.com&gt;:<BR>&gt; <BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; I wrote yes to generate velocity. Can that be a reason for the problem? Since<BR>&gt; &gt; I am doing membrane simulation it is advised to do production runs in npt<BR>&gt; &gt; thats the only other difference.<BR>&gt; <BR>&gt; I think what Mark was asking for was a bit more detail on how you put your<BR>&gt; system together. It would be helpful to know (step by step) what you did, as<BR>&gt; that may highlight a problem. Also, what do you define as "deformed very<BR>&gt; much?" Some fluctuations are to be expected, and 250 ps is a relatively short<BR>&gt; time frame. In some of my bilayer simulations, the lipids look quite strange<BR>&gt; under NVT, but after a nanosecond or two or NPT they even out and behave<BR>&gt; normally.<BR>&gt; <BR>&gt; -Justin<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; ----------------------------------------<BR>&gt; &gt; &gt; Date: Sat, 15 Dec 2007 06:03:27 +1100<BR>&gt; &gt; &gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<BR>&gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] problem with npt<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; pragya chohan wrote:<BR>&gt; &gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; &gt; thanks for your help.<BR>&gt; &gt; &gt; &gt; My system ran fine for 250 ps but later the bilayer deformed very much.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; What was your system preparation protocol - i.e. minimization and<BR>&gt; &gt; &gt; equilibration? See<BR>&gt; &gt; &gt; http://wiki.gromacs.org/index.php/Steps_to_Perform_a_Simulation<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Mark<BR>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; _________________________________________________________________<BR>&gt; &gt; Post free property ads on Yello Classifieds now! www.yello.in<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; http://ss1.richmedia.in/recurl.asp?pid=220_______________________________________________<BR>&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; <BR>&gt; Justin A. Lemkul<BR>&gt; Graduate Research Assistant<BR>&gt; Department of Biochemistry<BR>&gt; Virginia Tech<BR>&gt; Blacksburg, VA<BR>&gt; jalemkul@vt.edu | (540) 231-9080<BR>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/<BR>&gt; <BR>&gt; ========================================<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><BR><br /><hr />Post free auto ads on Yello Classifieds now!  <a href='http://ss1.richmedia.in/recurl.asp?pid=255' target='_new'>Try it now!</a></body>
</html>