<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
ya i removed&nbsp;every water molecule that entered the bilayers. after pr should i do nvt before doing npt? i am doing position restrain also under npt.<BR><BR>&gt; Date: Mon, 17 Dec 2007 11:27:01 +0200<BR>&gt; From: neamtuandrei@gmail.com<BR>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; Subject: Re: [gmx-users] problem with npt<BR>&gt; <BR>&gt; Hi,<BR>&gt; have you checked if there is no water inside the membrane after the<BR>&gt; use of genbox?<BR>&gt; <BR>&gt; On Dec 16, 2007 1:35 PM, Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt; wrote:<BR>&gt; &gt; pragya chohan wrote:<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; i started with the lipid coordinates from peter tieleman and removed the<BR>&gt; &gt; &gt; water. then i added water by genbox.<BR>&gt; &gt; &gt; I did energy minimization followed by position restrain, which I removed<BR>&gt; &gt; &gt; gradually. all of it was done under npt. I carried out npt for 250<BR>&gt; &gt; &gt; ps. During the next 250 ps npt run the bilayers separated and deformed.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Usually NVT to get the temperature right before relaxing to NPT to let<BR>&gt; &gt; the density equilibrate can be good idea. Look at how much your box<BR>&gt; &gt; changed size during your NPT to see if this effect is causing problems.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Mark<BR>&gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR><br /><hr />Fly HYD-BLR for Rs.499 Log on to MakeMyTrip! <a href='http://ss1.richmedia.in/recurl.asp?pid=266' target='_new'>Check it out!</a></body>
</html>