<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">Sorry for the delay. What happened before the segmentation fault was:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp; WTpreMD.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic run input: tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Full precision trajectory: trr trj<br>&nbsp; -x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Output, Opt. Compressed trajectory (portable xdr format)<br>&nbsp; -c WTpreMDres.gro&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb xml<br>&nbsp;
 -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp; -g&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md.log&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Log file<br>-dgdl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dgdl.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-field&nbsp;&nbsp;&nbsp; field.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-table&nbsp;&nbsp;&nbsp; table.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-tablep&nbsp; tablep.xvg&nbsp; Input, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-rerun&nbsp;&nbsp;&nbsp; rerun.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>-tpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tpi.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-ei&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sam.edi&nbsp; Input, Opt.&nbsp; ED sampling input<br>&nbsp;-eo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sam.edo&nbsp; Output, Opt. ED sampling output<br>&nbsp;
 -j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; wham.gct&nbsp; Input, Opt.&nbsp; General coupling stuff<br>&nbsp;-jo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bam.gct&nbsp; Output, Opt. General coupling stuff<br>-ffout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gct.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-devout&nbsp;&nbsp; deviatie.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-runav&nbsp; runaver.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>&nbsp;-pi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.ppa&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Pull parameters<br>&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp; pullout.ppa&nbsp; Output, Opt. Pull parameters<br>&nbsp;-pd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.pdo&nbsp; Output, Opt. Pull data output<br>&nbsp;-pn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pull.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br>-mtx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nm.mtx&nbsp; Output, Opt. Hessian matrix<br>&nbsp;-dn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dipole.ndx&nbsp; Output, Opt. Index
 file<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-deffnm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the default filename for all file options<br>-[no]xvgr&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>-np&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of nodes, must be the same as used for<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp<br>-nt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of threads to start on each node<br>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br>-[no]compact bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write a compact log file<br>-[no]sepdvdl bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Write separate V and dVdl terms for each<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interaction type and node to the log file(s)<br>-[no]multi&nbsp;&nbsp;
 bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do multiple simulations in parallel (only with<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np &gt; 1)<br>-replex&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Attempt replica exchange every # steps<br>-reseed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seed for replica exchange, -1 is generate a seed<br>-[no]glas&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do glass simulation with special long range<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; corrections<br>-[no]ionize&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Do a simulation including the
 effect of an X-Ray<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bombardment on your system<br><br><br>Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.5#<br>Reading file WTpreMD.tpr, VERSION 3.3.2 (single precision)<br><br>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.5#<br><br>Step -2, time -0.004 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 1.349301 (between atoms 1113 and 1115) rms 0.035397<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp; 1104&nbsp;&nbsp; 1106&nbsp;&nbsp; 58.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1456&nbsp;&nbsp; 0.2551&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1106&nbsp;&nbsp; 1107&nbsp;&nbsp; 58.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.2667&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;
 1106&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 64.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1533&nbsp;&nbsp; 0.1159&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1112&nbsp;&nbsp; 80.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1231&nbsp;&nbsp; 0.1854&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 41.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4557&nbsp;&nbsp; 0.1995&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1114&nbsp;&nbsp; 82.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0996&nbsp;&nbsp; 0.0968&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 80.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1476&nbsp;&nbsp; 0.3453&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1116&nbsp;&nbsp; 62.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531&nbsp;&nbsp; 0.2768&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1119&nbsp;&nbsp; 77.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1517&nbsp;&nbsp; 0.2741&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;
 1116&nbsp;&nbsp; 1117&nbsp;&nbsp; 36.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1423&nbsp;&nbsp; 0.1747&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1122&nbsp;&nbsp; 80.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0992&nbsp;&nbsp; 0.1188&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 84.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1477&nbsp;&nbsp; 0.2245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1124&nbsp;&nbsp; 44.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1517&nbsp;&nbsp; 0.2118&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1137&nbsp;&nbsp; 43.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1521&nbsp;&nbsp; 0.2093&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br><br>Step -1, time -0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 0.933924 (between atoms 1111 and 1113) rms 0.024333<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;
 1106&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 92.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1159&nbsp;&nbsp; 0.1138&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1112&nbsp;&nbsp; 53.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1854&nbsp;&nbsp; 0.0685&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 59.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1995&nbsp;&nbsp; 0.2572&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1114&nbsp;&nbsp; 91.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0968&nbsp;&nbsp; 0.1353&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 62.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3453&nbsp;&nbsp; 0.2040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1116&nbsp;&nbsp; 38.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2768&nbsp;&nbsp; 0.1783&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1119&nbsp;&nbsp; 61.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2741&nbsp;&nbsp; 0.2458&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp;
 1119&nbsp;&nbsp; 1120&nbsp;&nbsp; 78.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1051&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1122&nbsp;&nbsp; 44.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1188&nbsp;&nbsp; 0.1374&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 52.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2245&nbsp;&nbsp; 0.2043&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1137&nbsp;&nbsp; 35.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2093&nbsp;&nbsp; 0.1656&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>starting mdrun '? in water'<br>250000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0 ps.<br><br><br>Back Off! I just backed up traj.trr to ./#traj.trr.5#<br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 16002.615234 (between atoms 1113 and 1114) rms 421.562012<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint
 length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 161&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp; 63.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1092&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>&nbsp;&nbsp; 1087&nbsp;&nbsp; 1089&nbsp;&nbsp; 43.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470&nbsp;&nbsp; 0.2111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1089&nbsp;&nbsp; 1090&nbsp;&nbsp; 41.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.2121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1089&nbsp;&nbsp; 1093&nbsp;&nbsp; 65.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.6815&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1093&nbsp;&nbsp; 1094&nbsp;&nbsp; 57.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230&nbsp;&nbsp; 0.6487&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1093&nbsp;&nbsp; 1095&nbsp;&nbsp; 70.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1332&nbsp;&nbsp; 7.4581&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 1095&nbsp;&nbsp; 1096&nbsp;&nbsp; 63.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1002&nbsp;&nbsp; 6.9145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1095&nbsp;&nbsp; 1097&nbsp;&nbsp; 87.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1477&nbsp; 38.1974&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1097&nbsp;&nbsp; 1098&nbsp;&nbsp; 87.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1537&nbsp; 38.3103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1097&nbsp;&nbsp; 1102&nbsp;&nbsp; 46.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1563&nbsp; 93.5811&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1098&nbsp;&nbsp; 1099&nbsp;&nbsp; 74.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1431&nbsp;&nbsp; 8.7328&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp; 1098&nbsp;&nbsp; 1101&nbsp;&nbsp; 71.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531&nbsp;&nbsp; 8.6649&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1099&nbsp;&nbsp; 1100&nbsp;&nbsp; 73.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.5716&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1102&nbsp;&nbsp; 1103&nbsp;&nbsp; 81.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1266 123.2126&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1102&nbsp;&nbsp;
 1104&nbsp; 101.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1498 345.5438&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 1104&nbsp;&nbsp; 1105&nbsp; 100.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1138 339.2171&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1104&nbsp;&nbsp; 1106&nbsp;&nbsp; 73.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2551 1196.1974&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1106&nbsp;&nbsp; 1107&nbsp;&nbsp; 73.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2667 1298.7706&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1106&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp; 115.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1159 1137.4712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1107&nbsp;&nbsp; 1108&nbsp; 156.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1678 272.5244&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1108&nbsp;&nbsp; 1109&nbsp;&nbsp; 49.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1545&nbsp; 96.5447&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1108&nbsp;&nbsp; 1110&nbsp;&nbsp; 81.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1545&nbsp; 73.5228&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1112&nbsp; 131.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1854 528.7211&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1111&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 80.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1995 1840.3479&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1114&nbsp;&nbsp; 93.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0968 1600.3616&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1113&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 89.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3453 1596.2660&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1116&nbsp;&nbsp; 89.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2768 128.4722&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1115&nbsp;&nbsp; 1119&nbsp;&nbsp; 94.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2741 131.9932&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1116&nbsp;&nbsp; 1117&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1747&nbsp; 50.8581&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp; 1117&nbsp;&nbsp; 1118&nbsp;&nbsp; 72.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1024&nbsp;&nbsp; 0.8743&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1122&nbsp; 176.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1188&nbsp;&nbsp; 9.3235&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp; 149.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2245&nbsp;&nbsp; 5.8261&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1124&nbsp; 120.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2118&nbsp;&nbsp; 1.7661&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1137&nbsp;&nbsp; 44.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2093&nbsp;&nbsp; 2.3012&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1137&nbsp;&nbsp; 1138&nbsp;&nbsp; 86.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1271&nbsp;&nbsp; 0.6245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>&nbsp;&nbsp; 1137&nbsp;&nbsp; 1139&nbsp; 154.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1377&nbsp;&nbsp; 0.5616&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>&nbsp;&nbsp; 2720&nbsp;&nbsp; 2721&nbsp;&nbsp; 35.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp;
 0.1090&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>Segmentation fault<br><br>and my *.mdp file was:&nbsp; <br><br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<br>;<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; total 10
 ps.<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
 =&nbsp; Protein SOL NA+ <br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1 0.1 <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300 300 <br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 300.0<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br><br><br><br><div>&nbsp;</div>Jahanshah Ashkani,<br>PhD student of Biotechnology &amp; Genetics,<br>University of the Western Cape,<br>Biotechnology Department,<br>Private Bag X17,<br>7735 Bellville,<br>Cape Town,<br>South Africa<br>jashkani@mail.biotech.uwc.ac.za<div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">----- Original Message ----<br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Sent: Tuesday, December 4, 2007 7:27:35 AM<br>Subject: Re: [gmx-users] Segmentation fault<br><br>
Quoting jahanshah ashkani &lt;<a ymailto="mailto:ashkani_2003@yahoo.com" href="mailto:ashkani_2003@yahoo.com">ashkani_2003@yahoo.com</a>&gt;:<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; I have got a segmentation fault error when I run mdrun for 1ns. I
 would be<br>&gt; glad if you let me know what is going on and how can I solve it.<br>&gt; Thank you very much.<br><br>What happened before the segmentation fault?<br><br>-Justin<br><br>&gt;<br>&gt; Best,<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Jahanshah Ashkani,<br>&gt; PhD student of Biotechnology &amp; Genetics,<br>&gt; University of the Western Cape,<br>&gt; Biotechnology Department,<br>&gt; Private Bag X17,<br>&gt; 7735 Bellville,<br>&gt; Cape Town,<br>&gt; South Africa<br>&gt; <a ymailto="mailto:jashkani@mail.biotech.uwc.ac.za" href="mailto:jashkani@mail.biotech.uwc.ac.za">jashkani@mail.biotech.uwc.ac.za</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a
 href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div><br></div></div><br>
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