Hi,<br><br>As it'll be obvious I'm a beginner with gromacs and started just today with it.<br>The code were already installed though no one has already worked with it. I tried to test with the test script gmxtest.pl, of course. I get all tests passed but two of complex ones in dec+water, fe_test. I also got 1 error telling one of the pdb2gmx stuff failed. <br><br>this is what my checkpot.out for dec+water says:<br>**********************************************************************<br><span style="font-family: arial;">comparing energy file reference_d.edr and ener.edr</span><br style="font-family: arial;"><span style="font-family: arial;">There are 41 terms in the energy files</span><br style="font-family: arial;"><span style="font-family: arial;">There are 5 terms to compare in the energy files</span><br style="font-family: arial;"><span style="font-family: arial;">LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 34:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.178265,&nbsp; step&nbsp; 34:&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.167542</span><br style="font-family: arial;"><span style="font-family: arial;">Files read succesfully</span><br>**********************************************************************<br><br>and this is what fe_test says:<br>**********************************************************************<br>comparing energy file reference_d.edr and ener.edr<br>There are 57 terms in the energy files<br>There are 9 terms to compare in the energy files<br><br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.7354,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 4:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74.2103<br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.11,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 182.306<br>G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp;&nbsp;
 8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.60818,&nbsp; step&nbsp;&nbsp; 8:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.3652<br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.6518,&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 247.592<br>G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0529,&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.4662<br>Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.16314,&nbsp; step&nbsp; 12:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.79749<br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.8964,&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 217.778<br>G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.9303,&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 27.0049<br>Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.69673,&nbsp; step&nbsp; 16:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.17273<br>G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.329,&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.8202<br>G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.2602,&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.2163<br>Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.19369,&nbsp; step&nbsp; 20:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.784<br><br>Files read succesfully<br>**********************************************************************<br><br>regarding pdb2gmx testings, I'm not sure where I should look at.<br><br>How can I find out if I should reinstall it or go on
 experiencing?<br><br>regards,<br>Peyman<br><br><br><p>&#32;
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