Dear users,<br><br>I have a membrane simulation trajectory,<br>in which the solvent (water and ions) is separated by lipid bilayer.<br><br>I want to center the solvent so that the membrane is separated by two layers at the bottom and top in the unit cell.
<br><br>I have tried the followings.<br><br>trjconv -f ../Eq9/eq9.xtc -o cen2.xtc -n ../memb.ndx -pbc cluster<br>trjconv -f ../Eq9/eq9.xtc -o cen2.xtc -s ../Eq9/eq9.gro -n ../memb.ndx -center rect -pbc whole<br clear="all">
<br>Both pbc and center didn&#39;t work.<br>Is there any way to center the solvent?<br><br>Happy holidays.<br><br><br>-- <br>Best wishes,<br><br>MYUNGGI YI<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics
<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a>