Hi Mark<br>I read the manual and I used umabrella sampling and I got a curve for pmf but now I want to calculate pmf by energy perturbation that I want to sure about my curve that I got by umbrella sampling.<br>my question is about .itp file and how do I create.<br>thank you very much.<br><br><b><i>gmx-users-bounces@gromacs.org</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> The results of your email command are provided below. Attached is your<br>original message.<br><br>- Results:<br>    Ignoring non-text/plain MIME parts<br><br>- Unprocessed:<br>    I read the manual and I used umabrella sampling and I got a curve for pmf=<br>     but now I want pmf by energy perturbation that I want to sure about my c=<br>    urve that I got by umbrella sampling.<br>    my question is about .itp file and how do I create.<br>    thank you very much.<br>    Mark Abraham <mark.abraham@anu.edu.au> wrote:
 &gt;<br>    &gt; Hi Dear<br>    &gt; I want to copute PMF between two amines by energy perturbation in<br>    &gt; gromacs<br>    &gt; but I do'nt know what do I?<br>    &gt; I read the manual and mailing list but I cann't solve it. if you are<br>    &gt; having<br>    &gt; informatin please help me?<br>    You've been asking this question for months it seems, and you're not<br>    getting a substantive answer because it is too general. If you've read th=<br>    e<br>    manual, then you will have been able to choose one of several types of PM=<br>    F<br>    calculation implemented in GROMACS to do, and then to make further<br>    choices. Nobody is going to make these decisions for you. Maybe we'd<br>    provide advice if you laid out the pros and cons for the choices and we<br>    had suitable expertise.<br><br>- Ignored:<br>    <br>    For advice on asking questions the smart way so as to get useful answers,<br>    check out
 http://www.catb.org/~esr/faqs/smart-questions.html. In short,<br>    from that article, the more you're seen to be working toward your own<br>    solution, the more people are likely to want and be able to help you.<br>    <br>    Mark<br>    <br>    _______________________________________________<br>    gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>    http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>    Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting=<br>    !<br>    Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>    www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>    Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>    <br>    <br>          =20<br>    ---------------------------------<br>    Be a better friend, newshound, and know-it-all with Yahoo! Mobile.  Try i=<br>    t now.<br><br>- Done.<br><br>Date: Tue, 8 Jan 2008 22:25:31 -0800 (PST)<br>From: Farzad Molani
 &lt;farzad_c81@yahoo.com&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] energy perturbation<br>To: gmx-users-request@gromacs.org<br><br> Hi Mark<br>I read the manual and I used umabrella sampling and I got a curve for pmf but now I want pmf by energy perturbation that I want to sure about my curve that I got by umbrella sampling.<br>my question is about .itp file and how do I create.<br>thank you very much.<br><br><b><i>Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:</mark.abraham@anu.edu.au><blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> &gt;<br>&gt; Hi Dear<br>&gt; I want to copute PMF between two amines by energy perturbation in<br>&gt; gromacs<br>&gt; but I do'nt know what do I?<br>&gt; I read the manual and mailing list but I cann't solve it. if you are<br>&gt; having<br>&gt; informatin please help me?<br><br>You've been asking this question for months it seems, and you're not<br>getting a substantive
 answer because it is too general. If you've read the<br>manual, then you will have been able to choose one of several types of PMF<br>calculation  implemented in GROMACS to do, and then to make further<br>choices. Nobody is going to make these decisions for you. Maybe we'd<br>provide advice if you laid out the pros and cons for the choices and we<br>had suitable expertise.<br><br>For advice on asking questions the smart way so as to get useful answers,<br>check out http://www.catb.org/~esr/faqs/smart-questions.html. In short,<br>from that article, the more you're seen to be working toward your own<br>solution, the more people are likely to want and be able to help you.<br><br>Mark<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
 the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read  http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></blockquote><br><div>        </div><hr size="1">Be a better friend, newshound, and  know-it-all with Yahoo! Mobile. <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51733/*http://mobile.yahoo.com/;_ylt=Ahu06i62sR8HDtDypao8Wcj9tAcJ%20"> Try it now.</a></blockquote><br><p>&#32;

      <hr size=1>Never miss a thing.  <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51438/*http://www.yahoo.com/r/hs"> Make Yahoo your homepage.</a>