Hi Swapna, The PRODRG server generates topologies for the gmx force field (ffgmx; deprecated!). You most likely want to have a topology compliant with the Gromos96 force fields (e.g. ffG43a2). For this you need to use the beta version of the PRODRG server.

<br><br>Mind you that force field parameterization is a field of its own and not for the faint of heart. PRODRG may be good for for some things, but I wouldn&#39;t blindly go with the results obtained. Check <a href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Parameterization">

http://wiki.gromacs.org/index.php/Parameterization</a><br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div class="gmail_quote">On Jan 8, 2008 12:43 PM, SWAPNA &lt;<a href="mailto:swapna.lekkala@gmail.com">swapna.lekkala@gmail.com</a>

&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi,<br>I am doing the Kerrigan Drug-enzyme tutorial.<br>I could generate the 

drg.itp, drg.gro files using PRODRG server. When I use the grompp step before the energy minimization I encounter a problem -------------------------------- A fatal error was shown: atom types CB, CR61 and OS were not found.

<br><br>-------------------------------<br>These atom types CB, CR61 and OS are present in the drg.itp file. I<br>included the drg.itp file to the trp.top file before submission for<br>preprocesing using grompp.<br><br>I have checked with atom types present in the forcefield files of my

gromacs version and found that these are not present in my force field files. What should I do to eliminate the error? Can you please give me the other corresponding atom types that may be used for these unrecognised atom types?

<br><br><br><br>the drg.itp file that I used with the atom types CB, CR61 and OS<br>--------------------------------------------------------------------------<br>;<br>;<br>; &nbsp; &nbsp; &nbsp; This file was generated by PRODRG version 

061128.0522<br>; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten<br>; &nbsp; &nbsp; &nbsp; and Alexander Schuettelkopf<br>;<br>; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Questions/comments to <a href="mailto:dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk">dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk

</a> ; ; &nbsp; &nbsp; &nbsp; When using this software in a publication, cite: ; &nbsp; &nbsp; &nbsp; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004). ; &nbsp; &nbsp; &nbsp; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography ; &nbsp; &nbsp; &nbsp; of protein-ligand complexes.

<br>; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<br>;<br>;<br><br>[ moleculetype ]<br>; Name nrexcl<br>IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;3<br><br>[ atoms ]<br>; &nbsp; nr &nbsp; &nbsp; &nbsp;type &nbsp;resnr resid &nbsp;atom &nbsp;cgnr &nbsp; charge &nbsp; &nbsp; mass<br> &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NT &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;N3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;

0.144 &nbsp;14.0067<br> &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C20 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.423 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NT &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;N4 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;

0.145 &nbsp;14.0067<br> &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAF &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAE &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C6 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C5 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp;

0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C1 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C2 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C3 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C4 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;

0.000 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH1 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C10 &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;15 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C14 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.131 &nbsp;14.0270<br> &nbsp; &nbsp;16 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C22 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.469 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;17 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;O3 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; -

0.576 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp;18 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OS &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;O4 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; -0.113 &nbsp;15.9994<br> &nbsp; &nbsp;19 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH3 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C8 &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp;0.089 &nbsp;15.0350<br> &nbsp; &nbsp;20 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C9 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;14.0270<br> &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp; CH2 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C11 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;

0.000 &nbsp;14.0270<br> &nbsp; &nbsp;22 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C12 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;23 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C19 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;24 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C17 &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;25 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;C7 &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp;

0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;26 &nbsp; &nbsp; &nbsp;CR61 &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C13 &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;13.0190<br> &nbsp; &nbsp;27 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C15 &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;28 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; C16 &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;0.423 &nbsp;12.0110<br> &nbsp; &nbsp;29 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NT &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;N1 &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;

0.144 &nbsp;14.0067<br> &nbsp; &nbsp;30 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAH &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;31 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAG &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080<br> &nbsp; &nbsp;32 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NT &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;N2 &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;0.145 &nbsp;14.0067<br> &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAD &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;

0.072 &nbsp; 1.0080  &nbsp; &nbsp;34 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;IN4 &nbsp; &nbsp; HAC &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp;0.072 &nbsp; 1.0080 Thanks!! Swapna -- The logic of life lies exclusively neither in the most incredible detail, nor in the most sweeping synopsis.

<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">

http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>

P: +31-30-2539931 &nbsp; &nbsp;<br>F: +31-30-2537623