Hello dear gromacs users!<br>I`m trying to do targeted MD. I have two protein conformations which are different from each other by one loop position. I need to force conformation A to B.<br>It was following commands executed:
<br><br>grompp -Ó 
box.gro -f md.mdp -r conf1.pdb -rb conf2.pdb -p topol.top -o transformer.tpr<br><br>mdrun -s transformer.tpr -o -x -c -e -g -v <br><br>But it can be viewed from traj.xtc that conformation didn`t change. Protein just spins (with speed increasing), and desired loop does not move.
<br><br>What can I do to fix it?<br><br><span><span>Best regards, Stanislav Bobritsky,&nbsp; <br><br>ChemBio Center, Taras Shevchenko National University, Kiev, Ukraine.</span></span><br>