<DIV>Dear Goette</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Thanks a lot for your helpful suggestion.</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Cheers<BR><BR><B><I>Maik Goette &lt;mgoette@mpi-bpc.mpg.de&gt;</I></B> wrote:</DIV>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">Hi<BR><BR>Try the -ff option of pdb2gmx, if you're not able to get it working.<BR>This less complicated.<BR>pdb2gmx -f pdb.pdb -ff ffG43a1<BR><BR>Should work<BR><BR>Regards<BR><BR>Maik Goette, Dipl. Biol.<BR>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<BR>Theoretical &amp; computational biophysics department<BR>Am Fassberg 11<BR>37077 Goettingen<BR>Germany<BR>Tel. : ++49 551 201 2310<BR>Fax : ++49 551 201 2302<BR>Email : mgoette[at]mpi-bpc.mpg.de<BR>mgoette2[at]gwdg.de<BR>WWW : http://www.mpibpc.gwdg.de/groups/grubmueller/<BR><BR><BR>Mitra Kheirabadi wrote:<BR>&gt; Dear Dr.Periole<BR>&gt; <BR>&gt; I add ffG43a1p to FF.dat/ top and changed 11 to 12 on this file but
 <BR>&gt; sorry again I did not appear. please help me.<BR>&gt; <BR>&gt; Respectfully<BR>&gt; <BR>&gt; */Mitra Kheirabadi <MITRAKHEIRABADI@YAHOO.COM>/* wrote:<BR>&gt; <BR>&gt; Dear Periola<BR>&gt; <BR>&gt; I appreciate your kindly help.<BR>&gt; <BR>&gt; Respectfully<BR>&gt; <BR>&gt; */Xavier Periole <X.PERIOLE@RUG.NL>/* wrote:<BR>&gt; <BR>&gt; On Tue, 8 Jan 2008 06:35:28 -0800 (PST)<BR>&gt; Mitra Kheirabadi wrote:<BR>&gt; &gt; Dear Dr. Smith<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; I want to run a virus phosphorylated protein by gromacs.<BR>&gt; Furtunatly, you<BR>&gt; &gt;construct related force field by ffG43A1p name. I copied this<BR>&gt; force field to<BR>&gt; &gt;top. file gromacs but when I constructed pdbgmx, there is no<BR>&gt; any ffG43a1p to<BR>&gt; &gt;select. Could you help me?<BR>&gt; &gt; I be so grateful to receive any information about it.<BR>&gt; <BR>&gt; you must modify the file top/FF.dat and include the new force field.<BR>&gt; <BR>&gt; XAvier<BR>&gt; <BR>&gt;
 -----------------------------------------------------<BR>&gt; XAvier Periole - PhD<BR>&gt; <BR>&gt; NMR &amp; Molecular Dynamics Group<BR>&gt; University of Groningen<BR>&gt; The Netherlands<BR>&gt; http://md.chem.rug.nl/~periole<BR>&gt; -----------------------------------------------------<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search<BR>&gt; before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; Never miss a thing. Make Yahoo your homepage.<BR>&gt; <HTTP: evt="51438/*http://www.yahoo.com/r/hs"
 us.rd.yahoo.com><BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>&gt; posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; Looking for last minute shopping deals? Find them fast with Yahoo! <BR>&gt; Search. <BR>&gt; <HTTP: evt="51734/*http://tools.search.yahoo.com/newsearch/category.php?category=shopping" us.rd.yahoo.com><BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; <BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users
 mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
      <hr size=1>Be a better friend, newshound, and 
know-it-all with Yahoo! Mobile. <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51733/*http://mobile.yahoo.com/;_ylt=Ahu06i62sR8HDtDypao8Wcj9tAcJ "> Try it now.</a>