Dear gromca users,<br><br>I&#39;m a new user of gromacs.<br>I&#39;m trying to run energy minimization on the system of a short peptide and a lipid bilayer.<br>The following is my top file.<br><br>++++++++++++++++++++<br>;<br>
#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>#include &quot;../lipid.popc.itp&quot;<br>#include &quot;popc.itp&quot;<br>#include &quot;pro.itp&quot;<br>#include &quot;ions.itp&quot;<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br><br>[ system ]
<br>; name<br>Fusion peptide on POPC<br><br>[ molecules ]<br>; name&nbsp; number<br>Protein 1<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128<br>Na&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3655<br>+++++++++++++++++++<br><br><br><br>And I copied em.mdp with a little modification from the tutorial.
<br><br><br><br>+++++++++++++++++++<br>;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>;&nbsp;&nbsp; Input file<br>;<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep
<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>;<br>;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br><br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1
<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>++++++++++++++++++<br><br><br>After runing grompp I&#39;ve got the following error message.
<br><br><br>++++++++++++++++++++++<br>Program grompp, VERSION 3.3.1<br>Source code file: topio.c, line: 388<br><br>Fatal error:<br>Invalid order for directive defaults, file &quot;&quot;/panfs/storage.local/scs/home/myunggi/gromacs-openmpi/share/gromacs/top/ffgmx.itp&quot;&quot;, line 4
<br>++++++++++++++++++++<br><br>I think I have only one [ defaults ] section.<br>Does Anybody have an idea? What is wrong?<br><br>Have a great day.<br><br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br><br>MYUNGGI YI<br>==================================
<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a>