Oh yes, the -rdf option! And the run input file! That makes me feel kinda stupid... Thank you very much &amp; sorry for the dumb questions.<br><br>But still, having read the help again, I don&#39;t quite get the logic behind g_rdf -com -rdf atom -n -s giving me an all-zero output for the RDF between the COM of the molecule and water oxygen (which is I suppose what I request it to produce). However, using -rdf mol_com seems to work fine.
<br><br><div><span class="gmail_quote">2008/1/11, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Vasilii Artyukhov wrote:<br>&gt; Hi everybody,<br>&gt;<br>&gt; I&#39;m dealing with aqueous solutions of some small molecules. Just to clarify:<br>&gt;<br>&gt; 1) When I type g_rdf, is the -com option on by default? g_rdf -h makes
<br>&gt; me suspect it is...<br>read again.<br><br>&gt; 2) When I type g_rdf -nocom, what point of the molecule does the<br>&gt; resulting RDF correspond to?<br>it works between atoms unless you use one of the other options.
<br><br>&gt; 3) g_rdf -h says that the -com option makes it calculate the RDF w.r.t.<br>&gt; the COM of the 1st molecule. What about the other one, how is it treated?<br>&gt;<br>have you tried it out at all?<br><br> From g_rdf -h:
<br>The option -rdf sets the type of rdf to be computed. Default is for<br>atoms or particles, but one can also select center of mass or geometry<br>of molecules or residues. In all cases only the atoms in the index<br>groups are taken into account. For molecules and/or the center of mass
<br>option a run input file is required. Other weighting than COM or COG can<br>currently only be achieved by providing a run input file with different<br>masses. Option -com also works in conjunction with -rdf.<br><br>&gt; Thanks in advance,
<br>&gt; Vasilii<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>David van der Spoel, Ph.D.<br>Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.
<br>Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">
http://folding.bmc.uu.se</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>